Выдвигая территориальные претензии к Чехословакии и Польше, Германия со временем начала претендовать и на роль арбитра в пересмотре других спорных территориальных вопросов в восточноевропейском регионе. Так, например, в 1938 и 1940 гг. Германия и Италия, сформировав «независимую» венскую арбитражную комиссию, настояли на передаче своему потенциальному союзнику Венгрии значительных территорий Чехословакии и Румынии. Германская дипломатия с успехом использовала очаги национальной розни, сформированные в Восточной Европе версальской системой. Поддерживая венгров в их территориальных и политических притязаниях против румын и словаков, словаков и судетских немцев – против чехов, литовцев – против поляков и поляков – против украинцев, хорватов – против сербов и сербов – против албанцев и греков, Германия готовила плацдарм для полного подчинения всего восточноевропейского региона и новой перекройки его политической карты.
С началом второй мировой войны Восточная Европа окончательно стала зоной политического и военного влияния Третьего Рейха. Польша и Югославия подверглись агрессии. Четверть территории Польши была присоединена к Рейху, а на остальной части было создано «генерал-губернаторство оккупированных областей». Таким же образом Югославия была разделена на аннексированные и зависимые территории при участии Италии, Болгарии, Венгрии и Румынии.
Венгрия, Румыния и Болгария превратились в сателлитов Германии. В то же время их отношения с нацистским режимом складывались по-разному. Венгрия, присоединившаяся к антикоминтерновскому пакту еще в декабре 1933 г., рассматривалась в качестве наиболее верного союзника Германии. Однако правительство П. Телеки, пришедшее к власти в феврале 1939 г., было ориентировано на политику вооруженного нейтралитета. В сентябре 1939 г. венгерское правительство, ссылаясь на вековую дружбу с поляками, отказало Германии в передвижении войск через свою территорию для участия в кампании против Польши. Участие в оккупации Югославии и присоединение значительной территории с населением в 1 млн человек вновь усилило прогерманские настроения в венгерской политической элите. В июне 1941 г. Венгрия вступила в войну против СССР, а к концу 1941 г. на восточный фронт было отправлено уже около 200 тыс. венгерских солдат. В декабре Венгрия оказалась в состоянии войны с Великобританией и США.
В войне с СССР приняла участие и Румыния. В кампании 1941 г. участвовало 13 румынских дивизий, в кампании 1942 г. – 26. Румынские формирования воевали на реке Прут, под Одессой и Севастополем, на Северном Кавказе, на Дону и Волге. Единственным союзником Германии, сохранившим с Советским Союзом дипломатические отношения на всем протяжении войны, оказалась Болгария. Присоединившись к антикоминтерновскому пакту осенью 1940 г., Болгария сумела сохранить определенную самостоятельность в рамках прогерманской коалиции. С началом войны на территорию Болгарии были введены немецкие войска, но они не выполняли оккупационных функций.
В ответ на репрессии и экономическую эксплуатацию в восточноевропейских странах началось широкое движение Сопротивления. Особенно большие масштабы оно приобрело в Чехословакии, Польше, Югославии. Уже в 1939 г. в оккупированных чешских землях создается сеть подпольных организаций, где оказались представлены как либерально-демократические, так и коммунистические силы. В Словакии движение Сопротивления было преимущественно прокоммунистическим. С началом войны произошла политическая консолидация чешской эмиграции. В ноябре 1939 г. сторонники Э. Бенеша создали Чехословацкий национальный комитет, который поставил своей целью восстановление независимости Чехословакии, признание неправомерности мюнхенского соглашения. Летом 1940 г. Бенешу удалось добиться согласия Англии и Франции на создание в Лондоне временного чехословацкого правительства. В эмиграции был образован и государственный совет, выполнявший функции парламента. Комитет, а затем и временное правительство создавали вооруженные группы для осуществления в стране разведывательной и диверсионной деятельности, формировали чешские вооруженные силы за границей (весной 1940 г. чехословацкая дивизия во Франции насчитывала 10 тыс. человек). 18 июля 1941 г. было заключено советско-чехословацкое соглашение о совместных действиях и взаимной помощи в войне против гитлеровской Германии. Международное признание чехословацкого временного правительства и заключение соглашения создало условия для формирования на территории СССР чехословацких воинских частей под командованием генерала Л. Свободы.