Обвиняемого защищали известные адвокаты: О. Грузинберг, Д. Григорович-Барский, А. Зарудный, Н. Карабчиевский и В. Маклаков. Гражданскими истцами, поддержавшими обвинение
, выступали член фракции правых в 3-й Государственной думе Г. Замысловский и известный адвокат-антисемит А. Шмаков. В ходе процесса проводились медицинская, психиатрическая и богословская экспертизы, которые должны были выяснить, было ли убийство А. Ющинского ритуальным актом. Большинство экспертов отвергли эту версию. В богословской экспертизе участвовали известный гебраист академик П. Коковцов, профессор Киевской духовной академии А. Глаголев, московский казённый раввин Я. Мазе, профессор Петербургской духовной академии И. Троицкий, писатель В.Г. Короленко, выступавший в суде в качестве этнографического эксперта, а также разоблачавший в печати деятельность правительственных чиновников и абсурдность обвинения евреев в употреблении христианской крови для ритуальных целей. Только ксендз (католический священник) из Ташкента пытался доказать, что иудаизм предписывает совершать ритуальные убийства, и этому посвящена обширная раввинистическая литература, но не мог привести название ни одной книги.Адвокаты в своих выступлениях блестяще доказали абсурдность обвинения. И хотя присяжные заседатели были тщательно подобраны (семь крестьян, два мещанина, три мелких чиновника), 20 сентября 1913 г. Мендель Бейлис был оправдан
. Но всё же в судебном постановлении было сказано, что труп был обескровлен, т.е. суд косвенно поддержал версию ритуального убийства. Министр И. Щегловитов, фактически потерпев поражение в важном для антиеврейских кругов процессе, обрушился с преследованиями на тех, кто пошёл ему наперекор. А. Марголин был лишён звания присяжного поверенного; В. Шульгин, резко критиковавший в газете "Киевлянин" власти за стремление возродить в России кровавый навет, и В. Маклаков, опубликовавший в редактируемой П. Струве газете "Русская мысль" статью о деле Бейлиса, были приговорены к трёхмесячному заключению за "распространение в печати заведомо ложных сведений о деятельности правительствующих лиц".Оправдание М. Бейлиса вызвало ликование не только российских евреев, но и так называемого "мирового еврейства". Им показалось, что вот-вот наступят новые времена. И они наступили.
В 1914 г. началась Первая мировая война. Евреев, как и русских, охватил патриотический подъём. К началу войны в российской армии насчитывалось 400 тыс. евреев
, а к концу 1916 г. их число возросло до 500 тыс. Много евреев, выпускников университетов, освобождённых от призыва, пошли на фронт добровольцами. Тысячи евреев были награждены за участие в боевых действиях государственными наградами, многие стали георгиевскими кавалерами.Следует подчеркнуть, что к этому времени, реформа образования, какая-никакая, осуществлённая при Александре II, дала свои всходы. Несмотря на то, что на пути еврейской молодёжи в прогимназии, гимназии и университеты оставались юридические преграды, в том числе подчинение сферы образования государственному религиозному контролю и так называемая процентная норма.
"Хитрые евреи" и в таких условиях начали "выкручиваться". В конце XIX в. в стране стали появляться сначала десятки, а затем и сотни частных учебных заведений, работающих по тем же стандартам, что и действующие. Плата за обучение в этих учебных заведениях была высокой, но евреев принимали туда без ограничений, а тех из них, кто проявлял способности и прилежание, евреи-учредители и еврейские общины даже содержали.
Если учредитель учебного заведения был сметливым и обладал "полезными" связями с чиновниками, то он быстро добивался для своего предприятия статуса казённого учебного заведения, которое было открыто как для евреев, так и для христиан. Характерный в этом смысле пример: в Петербурге одной их престижных считалась частная гимназия профессора Я. Гуревича - историка, издателя журнала "Русская школа" и филантропа.