По свидетельству Плутарха («Цицерон», ХХХVІІІ), в Эпире Помпей не прибегал к услугам Цицерона ни в одном важном деле, а тот не скрывал своего сожаления о переходе на его сторону, за его спиной порицая его планы и позволяя себе остроты на его счет
После сражения под Диррахием, в котором Помпей нанес поражение Цезарю, 9 августа 48 г. под Фарсалом, в Фессалии, произошло сражение, окончившееся разгромом сил Помпея. Помпей бежал в Египет, где был предательски убит 29 сентября.
Цицерон, по нездоровью не принимавший участия в военных действиях под Диррахием, не участвовал и в походе Помпея в Фессалию. Когда в Эпире узнали о поражении Помпея и о его бегстве, Цицерон отказался принять командование войсками, на что он имел право как консуляр. Он даже пожелал покинуть ряды воюющих, за что сын Помпея едва не обнажил против него меча. Марк Порций Катон отпустил Цицерона в Италию, где он, хотя и был консуляром и проконсулом, жил в Брундисии как политический изгнанник, ожидая возвращения Цезаря, который один мог решить его судьбу.
Дошедшие до нас письма Цицерона из Брундисия говорят о его подавленном настроении и тревоге за общее положение, за себя и свою семью. Так, 27 ноября 48 г. он писал Аттику: «В том, что я отошел от войны, я никогда не раскаивался: жестокость была в них [помпеянцах] столь сильна, союз с варварскими племенами столь силен, что проскрипцию составляли не поименно, а по родам и было решено объявить после победы имущество, принадлежащее всем вам, добычей Помпея» (Att., XI, 6, 2; п. 412).
При возвращении Цезаря в Италию по окончании александрийской войны Цицерон выехал навстречу победителю, прибывшему в Тарент в сентябре 47 г. Цезарь обошелся с Цицероном милостиво и разрешил ему возвратиться в Рим
Прощенный Цезарем Цицерон мог еще и еще раз оценить свой выбор во время гражданской войны. «В своем поступке я раскаялся — не столько ввиду того, что опасность угрожала лично мне, сколько из-за многочисленных пороков, с которыми я столкнулся там, куда пришел: во-первых, не было ни достаточных, ни боеспособных военных сил; во-вторых, если не говорить о полководце и о немногих других, остальные во время военных действий проявили алчность, а в высказываниях своих были так жестоки, что я приходил в ужас от мысли, что они могут победить» (Fam., VII, 3, 2; п. 462, Марку Марию). «Знаю, ты всегда был со мной в горести, когда мы видели и огромное зло от гибели войска одного из противников, и вершину всех зол — победу в гражданской войне, а я, право, даже боялся победы тех, к кому мы пришли» (Fam., IX, 6, 3; п. 468, Баррону) [933]
. В сентябре 46 г. Цицерон пишет Авлу Цецине, находящемуся в изгнании в Сицилии: «Вначале я предостерегал Помпея от союза с Цезарем, впоследствии — от разрыва с ним. Я видел, что союз ослаблял силы сената, а разрыв вел к гражданской войне» (Fam., VI, 6, 4; п. 491). Помпеянцу Авлу Манлию Торквату, жившему в изгнании в Афинах, он писал в январе 45 г.: «Хотя расстройство всех дел таково, что каждый глубоко сожалеет о своей участи и предпочел бы быть где угодно, но только не там, где находится, все же для меня несомненно, что для честного человека величайшее несчастье — пребывание в Риме… Не думаю, что мы тогда оставили отечество, надеясь на награды за будущую победу. Нам казалось, что мы исполняем, так сказать, законный и священный долг» (Fam., VI, 1, 1; 3; п. 542). Он вскоре пишет ему же: «Нет человека, который не подумал бы о том, как сильно надо бояться гнева вооруженного победителя» (Fam., VI, 4, 1; п. 544).Положение Цицерона осложнялось тем, что ему приходилось оправдываться перед бывшими единомышленниками: «Ведь существуют люди, которые, хотя моя гибель и не принесла бы пользы государству, считают преступлением то, что я жив; которым — я твердо знаю — кажется, что погибло недостаточно много людей…» (Fam., VII, 3, 6; п. 462, Марку Марию).