При определении номенклатуры выпускаемой военной продукции далеко не всегда учитывали профиль и реальные возможности предприятий. Так, завод № 477 НКАП на протяжении всего периода войны наряду с ремонтом и выпуском самолетов занимался производством боеприпасов, Красноярский ПВРЗ вместе с выпуском близкой по профилю предприятия продукции должен был осваивать выпуск минометов и корпусов снарядов, завод № 703 НКМВ – разрываться между боеприпасами и комбайнами. Создание на одном предприятии многопрофильного производства диктовалось, прежде всего, условиями войны. Но часто это было просто технически и технологически несовместимо, экономически необоснованно. А это приводило к чрезмерным затратам и, в конечном счете, не позволяло организовать выпуск вооружения в короткие сроки.
Производство вооружения и боевой техники планировали на каждый месяц по каждой отрасли и отдельным предприятиям. Планы разрабатывались Госпланом СССР, утверждались ГКО и являлись законом для исполнителей. Такое оперативное планирование в целом отвечало требованиям военного времени, так как давало возможность жестко направлять и контролировать выпуск военной продукции исходя из реальной потребности фронта в вооружении, боеприпасах и боевой технике. Однако планирование выпуска военной продукции, как показала дальнейшая практика, оказалось нереальным. Не все задания были экономически обоснованными, не всегда они учитывали реальную обстановку и особенности местных сибирских условий. Несмотря на то, что многие эвакуируемые предприятия вступали в строй действующих буквально спустя несколько недель или через два-три месяца после прибытия на новые места базирования, общий процесс восстановления затягивался на длительное время. При планировании заданий не всегда брали в расчет наличие на местах сырьевой базы, смежных предприятий или возможностей их создания. Для эвакуированных предприятий часто устанавливали нереальные сроки начала производственной деятельности, без учета всей сложности перебазирования и восстановления на новых местах. Так, например, с 7 ноября 1941 г. в списках оборонных предприятий Иркутской области стал числиться патронный завод № 540, который по плану должен был быть сдан в эксплуатацию к этому сроку. Однако к двадцатым числам ноября полностью отсутствовала инструментальная база и оборудование для производства гильз и пуль, что тормозило запуск завода. Но в планах он уже значился как действующий завод. В итоге срывы правительственных заданий были для завода обычным явлением.
Не менее сложной проблемой, оказавшей серьезное влияние на организацию и выпуск оборонной продукции, стало снижение уровня хозяйственного руководства. Начиная с конца 1941 г. в связи с мобилизацией людей на фронт существенно обновился руководящий состав предприятий. Новые руководители обладали значительно меньшими знаниями и опытом в организации военного производства, не всегда быстро и верно могли оценить изменения в обстановке, принять нужное решение и умело его отстаивать. Директорский корпус в большинстве своем состоял из выдвиженцев-специалистов, не знакомых ранее со спецификой военного производства и его организацией, обладавших недостаточными организаторскими качествами, слабо ориентировавшихся в местных условиях труда. Все это не могло не сказываться на темпах восстановления предприятий, освоении новой номенклатуры оборонной продукции и частой смене руководителей.
В процессе приспособления гражданских предприятий к выпуску военной продукции приходилось преодолевать целый ряд трудностей, обусловленных специфическими особенностями оборонного производства. Следует заметить, что условия перехода на военное производство отдельных предприятий, даже принадлежавших к той или иной группе приспособляемости, зависели от конструктивных особенностей определенных видов продукции, наличия квалифицированной рабочей силы, специалистов и др. Относительно быстро и сравнительно безболезненно осваивали производство военной техники на объединенном заводе № 4 НКВ и № 39 НКАП.