5 июля 2000 года Государственная Дума приняла поправки к закону «О Центральном банке Российской Федерации (Банке России)» в первом чтении. Авторами законопроекта были депутаты П. А. Медведев, В. П. Никитин, А. М. Макаров и Н. Н. Савельев. Президент В. В. Путин высказался в поддержку концепции законопроекта, после чего ко второму чтению была подготовлена фактически новая его редакция, составленная из поправок депутатов М. М. Задорнова и М. Л. Шаккума.
Законодатели проработали над законом о Центральном банке целый год. В то же самое время Правительство и Центральный банк готовили поправки к законам «О банках и банковской деятельности» и «О банкротстве кредитных организаций». Эти три закона получили в банковском и экспертном сообществе название «пакета МВФ». 19 апреля 2001 года Государственная Дума приняла их во втором чтении. Через два месяца Государственная Дума приняла их в третьем чтении и направила на рассмотрение Совета Федерации. Верхняя палата одобрила поправки к законам о банковской деятельности и банкротстве кредитных организаций, но наложила вето на новую редакцию федерального закона о Центральном банке.
27 июня 2001 года Государственная Дума преодолела вето Совета Федерации и направила закон на подпись Президента РФ. В. В. Путин решил не обострять ситуацию и наложил на закон вето. Таким образом, многострадальный законопроект был возвращен в состояние первого чтения.
В начале августа 2001 года руководитель рабочей группы РСПП по банковской реформе А. Л. Мамут направил в высшие органы власти и распространил для обсуждения в банковском и экспертном сообществе альтернативные предложения по реформированию банковской системы. Он предлагал вместо существующих трех видов банковских лицензий на различные виды деятельности (обычные, расширенные и генеральные) ввести две – федеральные и региональные, действующие по «географическому» признаку. Банки с федеральной лицензией получали право открывать филиалы в любом регионе, обслуживать любую клиентуру, включая бюджет и население, иметь прямые корсчета с иностранными банками и т. д., в то время как региональные лицензии позволяли работать только в одном или нескольких регионах. Фактически речь шла о создании трехступенчатой банковской системы: Центральный банк – федеральные банки – региональные банки. Порог федеральной лицензии предлагалось установить к 2002 году в 1 млрд. рублей (2 млрд. – к 2003-му, 3 млрд. – к 2004-му), что означало фактическое прекращение деятельности основной массы мелких и средних банков. Кроме того, предлагалось полностью ликвидировать все государственные банки за исключением Сбербанка. В итоге, по мнению Мамута, банковская система России стала бы более прозрачной (поскольку общее количество банков существенно сокращалось), более управляемой (чем меньше на рынке игроков, тем удобнее государству регулировать рынок) и более устойчивой (за счет увеличения капитала банков) и, соответственно, более привлекательной для инвестиций.
Концепция банковской реформы РСПП прошла несколько принципиальных стадий согласования. Премьер М. М. Касьянов поручил министерствам и ведомствам представить свои заключения и назначил на начало сентября 2001 года ее обсуждение в формате рабочего совещания. Центральный банк поддержал только те положения, которые были отражены в «Концептуальных вопросах развития банковской системы Российской Федерации», но был категорически против разделения банков на две категории: федеральные и региональные.
В итоге Правительство приняло неожиданно смелое решение «о прекращении участия государственных унитарных и казенных предприятий в капиталах коммерческих банков». Подготовленные Минимуществом предложения подразумевали передачу принадлежащих госпредприятиям долей в уставных капиталах банков в распоряжение данному ведомству, которому (с подключением также Минфина) предстояло заняться их распродажей. Это касалось всех коммерческих банков с участием государственных предприятий, в том числе и тех, в которых госпредприятия владели контрольным или блокирующим пакетом акций, – таким, как «Конверсбанк» и «Комнейвабанк» (Минатом), «Транскредитбанк», «Балтийский» и «Дзержинский» (МПС); «Морбанк» (Минтранс), «Всероссийский банк развития регионов» (Минэнерго). Отчаянная борьба министерств за право сохранить «свои» банки, выведя их из общей схемы распродажи, успеха не принесла.