Вслед за Тимофеевым-Ресовским в начале октября был арестован в Бухе и Карл Циммер, которого несколько раз допрашивали через переводчика. В это же время арестовали и генетика Сергея Романовича Царапкина, друга и заместителя Тимофеева-Ресовского, и других русских сотрудников института. Их объединили в одно дело. Циммера как немецкого ученого вместе с немецкими коллегами Борном и Катчем выделили в особое производство. Их обвинили в «саботаже демонтажа ценного оборудования института». Обвинение сформулировала новая комиссия, в которой главную роль играл полковник медицинской службы НКВД Г. М. Майрановский, главный токсиколог НКВД, изучавший яды, действующие на нервную систему и мозг. В декабре русских заключенных перевели в Москву. Судебное заседание Военной коллегии Верховного суда СССР по делу Тимофеева-Ресовского и Царапкина происходило в Москве 4 июля 1946 года. Приговор, лишение свободы в ИТЛ сроком на десять лет с конфискацией имущества, объявили к ночи в тот же день.
Карл Циммер и другие немецкие сотрудники Тимофеева-Ресовского – А. С. Катч и Г. Борн – после множества допросов в Берлине были отправлены в лагерь немецких военнопленных в Красногорске, недалеко от Москвы. Весной 1946 года Николаус Риль, уже создавший на базе завода «Электросталь» возле Ногинска завод по производству металлического урана, который выдавал по тонне урана в неделю, приобрел достаточный авторитет. Завенягин, выполнявший по линии НКВД все требования Риля, и Борис Ванников – по линии СНК получили от Риля просьбу, которую они не могли проигнорировать. Риль заявил, что Циммер, Борн (радиохимики по урану) и Александр Катч (медик) должны быть включены в исследовательскую группу на заводе «Электросталь»:
Завенягин уже знал, что спорить с Рилем по таким вопросам бесполезно.
Команде Риля предложили по прибытии в Москву срочный тур по Уралу и Сибири для выбора подходящего металлургического завода, который можно было бы быстро переоборудовать в урановый. Риль от такой экскурсии отказался. Он настаивал, что они согласны работать лишь вблизи Москвы или Ленинграда. Сотрудника Риля Г. Вирта отправили в конце июля осматривать завод в Красноярске. Атомные бомбы, сброшенные на Японию, завершили споры о выборе места. В августе 1945-го Риль выбрал завод «Электросталь» недалеко от Ногинска в 60 км к востоку от Москвы. Этот военный завод, производивший реактивные снаряды для «катюш» и бомбы, решением Государственного комитета обороны от 30 августа передали в Главпромстрой НКВД. Он стал известен как завод № 12. Было разрешено начать монтаж оборудования без рабочих чертежей по эскизам. Высокочастотные вакуумные электропечи, огнеупорные тигли и многое другое привезли из-под развалин Ораниенбурга. (Первый экспериментальный реактор в СССР Ф-1 был запущен в декабре 1946 года Игорем Курчатовым полностью на уране, привезенном из Германии. Блоки урана, покрытые алюминиевой оболочкой, – ТВЭЛы – привозили из Ногинска. Критичность была достигнута на 45-й тонне (см.: