Однако крестьянство не хотело воевать, уклонялось от призыва, в ряде мест вспыхивали восстания. Информатор Сибирского правительства докладывал, что «агитация антигосударственного направления возрастает, переловить главарей невозможно ввиду отсутствия реальной силы». На подавление волнений отправили партизан Анненкова. Советские историки потом с негодованием писали, что его казаки сжигали целые деревни. Однако истина находится посередине: большинство из приписываемых Анненкову преступлений совершили отряды красноармейцев, выполняя распоряжения Москвы о красном терроре. Но и генерал не уступал коммунистам в жестокости, о чем и признался в своих воспоминаниях: «Я дал следственной комиссии директивы установить активных участников восстания. Действовал военно-полевой суд, выносивший много приговоров. Расстреливали. Но так поступали относительно мужчин, оказывавших сопротивление, хотя случались эксцессы. Предотвратить это не было возможности».
Не стоит думать, что Анненков только и делал, что безжалостно отправлял всех на виселицу. Уже в эмиграции его офицеры вспоминали довольно примечательный случай: при сдаче в плен 5-го Советского полка один из бойцов, Иван Дупляков, сказал: «Я много перебрал на мушку вашего брата, теперь можете брать и меня». Решение атамана тогда удивило всех. Он зачислил пленного красноармейца в свой личный конвой. А подчиненным Анненков позднее так объяснил свой поступок: «Ярассчитывал на чисто психологическое воздействие: он боролся против нас и не ожидал к себе снисхождения. Мужество надо уважать».
Анненков в тот период был одним из самых популярных вождей белых армий в Сибири. Многим импонировало в атамане то, что Борис Владимирович презирал азартные игры, не курил и не пил, не был замешан в скандальных любовных похождениях. Один из современников даже назвал его «фундаментом, на котором возродится русская армия». Борис Владимирович стремился установить в своих частях своеобразную военную демократию, основы которой закладывались им еще со времен Первой мировой. Железная дисциплина сочеталась в войсках с особым духом товарищества, позволявшим бойцам, независимо от звания, называть друг друга «братьями» и обращаться на «ты». Офицером можно было стать, только пройдя все ступени, начиная с рядового. Все это не привлекало кадровых военных, многие из которых уезжали из анненковских частей, отказываясь служить под началом своих бывших подчиненных. «Старых генералов я считал хламом», — любил повторять атаман. Он выдвигал молодежь, ссылаясь на печальный опыт мировой войны. В своих мемуарах Анненков отмечал: «Особое значение я придавая поддержанию правильных взаимоотношений в отряде. Дело в том, что многие офицеры царской армии были далеки от солдат, не вникали в их нужды, проявляли высокомерие и грубость. Поэтому у меня проводилась кадровая политика с учетом прошлых уроков».В дивизии Анненкова было запрещено употребление спиртного. Замеченные в пристрастии к алкоголю надолго в рядах «черных гусаров» не задерживались. О нравах, царивших у партизан, уже тогда рассказывали легенды. «Штаба и свиты у атамана нет,
— писала одна из сибирских газет в середине 1919 года, — только печатная машинка и вестовые. За сквернословие на третий раз изгонялись. Образцовая дисциплина, преобладают интеллигентная молодежь, казаки и киргизы»,— говорилось в статье. Порядок в своих партизанских частях Анненков поддерживал, опираясь на военно-полевой суд, состоявший из офицеров, и специальную комиссию, действовавшую на основе дореволюционных законов и приказов штаба Верховного главнокомандующего. Стоит также сказать, что Борис Владимирович пошел, пожалуй, дальше всех вождей белых армий. Он лично внес изменения в молитву «Спаси, Господи», чтобы она больше подходила для борьбы с большевиками. В новом варианте она начиналась словами: «Благослови достояние твое, победы нашему отряду на супротивника даруя». Никто не возражал. Его казаки вообще считали своего атамана наместником Бога, с гордостью говорили: «Господь — на небе, атаман — на земле» и называли себя воинами Христовыми.