Как и большинство лидеров белой борьбы в Сибири, Анненков не признавал над собой начальников, и прежде всего адмирала Колчака. Хотя официально поддержал Александра Васильевича одним из первых: «Омск. Верховному правителю России адмиралу Колчаку. Ваше высокопревосходительство!Ваше назначение Верховным правителем, в руках которого сосредоточивается вся полнота государственной власти, дало мне с первого же момента глубокую уверенность в том, что наконец настал тот час, когда наша измученная, истерзанная внутренними и внешними врагами Родина вновь подымется и пойдет по пути возрождения и станет такой же великой, какой и была. Я как атаман партизан, добровольно собравшихся отдать жизнь свою в любой час за нашу Родину, приветствую Ваше назначение и заверяю своим словом Атамана, что веемой силы и помыслы будут направлены к тому, чтобы вы уверенно и твердо могли бы опереться на нас, и мы готовы каждую минуту, по первому Вашему приказу, исполнить наш святой долг перед Отчизной. С нами Бог. Атаман Анненков».
Противостояние с Колчаком дошло до того, что атаман отказался от присвоенного ему Верховным правителем России звания генерала, указав в ответной телеграмме, что ему и чина полковника вполне достаточно. Уговоры офицеров на Анненкова не действовали. Только спустя несколько месяцев он появился перед своим конвоем в новых погонах. Пожалуй, ни о ком из лидеров белых армий большевики не распустили столько лживых слухов, как об атамане Борисе Владимировиче Анненкове. Один из историков даже договорился до того, что тот, убежденный монархист, оказывается, презирал священников и церковь посещал неохотно. Почему при этом на знамени его партизанского отряда было написано «С нами Бог», не объяснялось. И все-таки каким же запомнился своим современникам генерал Анненков? «Среднего роста, физически развит, может заставить играть каждый свой мускул, обладает большой силой воли, умеет гипнотизировать. Любит посещать солдатские вечеринки, где сам пляшет и учит этому казаков, подпевает, хотя голосом не обладает».
Стоит подчеркнуть, что за годы советской власти боевой генерал вообще трансформировался в карателя, который перевешал половину Сибири. А вот в эмиграции об Анненкове отзывались как о человеке, до последнего вздоха сохранившего чувство ненависти и брезгливости к власти убийц, грабителей и палачей народа.