В бедствиях и разрушениях осады д’Обюссон увидел совершенно новый тип крепости, прототипом которого отчасти являлись итальянские бастионные крепости, однако некоторые конструктивные решения были применены на Родосе впервые и опередили свое время. Итак, укрепления надо было отстраивать заново. Первым делом магистр распорядился выстроить в 12 метрах от старой стены новую и все пространство между ними засыпать землей и битым камнем – такой стене не были страшны никакие чудовищные «базилики». Все ранее отдельно стоявшие башни оказались инкорпорированы в новую крепость, однако их высота была понижена – высокие башни являлись пережитком и всего лишь отличной мишенью для вражеских пушек. Кроме того, ряд башен был окружен мощными полигональными бастионами. Также крепость лишилась большей части зубцов-мерлонов – они уже не спасали стрелков, но могли быть легко сбиты артиллерией, причиняя ущерб и принося гибель защитникам. Далее д’Обюссон вполовину сократил количество ворот, обращенных к суше: были ликвидированы ворота в итальянской башне, ворота Св. Афанасия (позднее их разблокировали турки), а ворота Св. Георгия были закупорены таким мощным стреловидным бастионом, который до сих пор является одним из выдающихся фортификационных сооружений крепости. Преемники д’Обюссона продолжили его линию по отношению к воротам: Эмери д’Амбуаз (правил в 1503–1512 гг.) возвел у ворот, впоследствии получивших его имя, два полукруглых бастиона и фактически превратил эти ворота в отдельную крепость, защищавшую проход к магистерскому дворцу, а Фабрицио дель Каретто, герой обороны башни Св. Николая в 1480 г. (правил в 1513–1521 гг.), возвел вокруг итальянской башни не менее примечательный округлый бастион. Ров был значительно расширен и облицован камнем; в нем были замаскированы выходы для атак осажденными наполнивших ров врагов. Некоторые выходы изо рва являлись хорошо спланированными ловушками – попавшие туда враги оказывались в длинном каменном мешке практически под безнаказанным обстрелом со стен и башен. Учитывая огромную роль форта Св. Николая в осаде 1480 г., д’Обюссон обнес башню неприступным многоугольным бастионом. «Экзамен на прочность» эта Обюссонова крепость сдавала даже во Вторую мировую войну, когда оккупировавшие Родос итальянцы установили на форте Св. Николая пушки и пулеметы; средневековая твердыня не поддалась даже оружию XX в.
Возрождались укрепления, по-прежнему, в основном силой пленных мусульман, а также местных греков, получавших жалование. Руководили работами тоже греки. С тех времен до нас дошли имена «мастера-каменщика всех новых стен» Манолиса Кудиса, мастера-каменщика Антония ту Папы, надзиравшего за строительными работами в замке Св. Петра в 1494 г. В начале XVI в. – с 1502 по 1522 г. – дальнейшим укреплением родосской крепости заведовали итальянцы – Бартолино де Кастилион (укреплял также замки на Косе и Св. Петра), Базилио далла Скуола ди Виченца, Маттео Джоэни, Габриэле Тадино да Мартиненго и Джероламо Бартолуччи.
Вместе с тем шло восстановление порушенных домов и храмов Родоса. В еврейском квартале, на том месте, где у брешей была одержана победа, д’Обюссон выстроил готический храм Богоматери Победы, а для греков – храм Св. Пантелеимона, чья память празднуется в день той победы. Готический храм погиб при осаде 1522 г., а храм Св. Пантелеимона до сих пор стоит и действует. В то же время перестраиваются орденская крепость в Линдосе и иные замки на Родосе и близрасположенных островах. Наряду со строительством служились торжественные благодарственные мессы, издавались законы против падения нравов, народ освобождался от налогов, получал бесплатно зерно – то есть Великий магистр продолжил ту же линию социального обеспечения народа, что он начал после окончания осады.
Однако в мировой истории д’Обюссон остался не только благодаря своей беспримерной храбрости на поле боя – он был еще и отменным дипломатом, вернувшим христианскому миру одну из его величайших реликвий – десницу (правую руку) Иоанна Крестителя. Вот при каких обстоятельствах это произошло.