20 сентября обнаружилось предательство еврейского врача, турецкого шпиона, поселившегося на Родосе еще по приказу султана Селима – его застали посылающим записку в турецкий лагерь при помощи стрелы. На пытке он признался, что сообщал врагу о слабых местах крепости и что это было уже пятое письмо, посылаемое им. Как было сказано ранее, именно по его совету турки более выгодно и полезно разместили свою артиллерию и снесли колокольню церкви Св. Иоанна. Признание того, что он – христианин, не спасло его от четвертования. Предательство вообще было широко распространено, причем с двух сторон: какой-то родосец послал к туркам своего молодого слугу, переряженного в девицу, некий богатый горожанин Луцио Кастрофилака, снабженец, посылал туркам записки на стрелах, был схвачен и пытан; но и из турецкого лагеря, где было много христиан, в крепость часто летали стрелы с полезными записками.
22 сентября враг взорвал мину под бастионом Оверни, пользуясь советами перебежчика-грека, но умница Мартиненго сумел каким-то образом «спиральными каналами», проделанными во вражеском подкопе, отвести образовавшуюся взрывную волну наружу, чем предотвратил полное разрушение стен.
Тем временем на военном совете у султана, по предложению Мустафы-паши, было решено начать общий штурм, который и последовал 24 сентября после двухдневной усиленной бомбардировки: были разом атакованы все 4 бреши, да еще одновременно с этим флот попытался прорваться в гавань. Турки рассчитывали на то, что защитников слишком мало, для того чтобы отражать штурм одинаково успешно на всех направлениях. Султан обещал войскам отдать город на разорение, если они возьмут его.
Магистр Филипп, предчувствуя общий штурм, отдал соответствующие приказы и лично обошел все укрепления. «Мои дорогие братья, – увещевал он воинов, согласно аббату Верто, – помните, что мы собираемся сражаться за орден и за защиту нашей религии, и наградой нашей доблести будет славная победа – в противном случае Родос, сильнейший бастион христианства, должен послужить нам могилой». Когда же он встречал городских обитателей, говорил: «Помните, что кроме защиты веры вы взялись за оружие ради своей страны, жен, девиц и детей; сражайтесь доблестно, чтобы спасти их от позора, которым их стращают неверные; их и ваша свобода, ваша кровь, ваша честь и ваша судьба – все в ваших руках и зависит от вашей храбрости». Воодушевленные жители уже готовы были разглядеть небесное знамение – на крыше церкви Св. Иоанна появилась фигура с развевающимся знаменем, в которой тут же опознали самого Иоанна Предтечу, вдохновлявшего людей на битву. Однако «Креститель» оказался французским поваром одного из приоров, избравшим сие место для безопасной демонстрации своей доблести, за что был, в результате всеобщего разочарования, немедленно обвинен в подаче сигналов врагу и чуть не разорван на куски.