В планировочном плане в комплексе Ниловой пустыни выделяют 4 основные части: территорию монастырского двора, территорию гостиного двора, территорию конного двора, территорию фруктового сада. План реконструкции Ниловой пустыни включает в себя восстановление, реставрацию, приведение в должный порядок исторических объектов и владений обители (включая целесообразное и частичное изменение функционального использования некоторых из них), в их числе Богоявленский собор (1821–1833) с 4-ярусной колокольней, больничная церковь Всех святых с кельями (1699–1723), надвратная церковь Нила Столобенского (1751–1755), надворный храм Петра и Павла (1760–1764) храм Покрова Пресвятой Богородицы (1777–1798), Крестовоздвиженский храм (1784–1788), Архиерейские кельи (1680–1838), братский корпус (1675–1838), настоятельский корпус (1723–1794), Трапезная палата (1669–1804), крепостная ограда (1676), ограда монастыря с башнями (1766), Архиерейская пристань (1814), Входная Светлицкая башня (1870), монастырская гостиница (1734–1799), странноприимный дом (1737–1806), конный двор (1762–1764), каретный сарай, хозяйственный двор, пекарня, судоремонтные мастерские, ограда фруктового сада, дом садовника, дом для работников, амбар, погреб, гранитная набережная (1833–1851), липовый парк, липовая аллея. По проектам арх. И.Ф. Львова сооружены корпуса архиерейских, братских и настоятельских келей, а также гранитная набережная (XIX в.).
Нилова пустынь остается одним из самых красивых мест на Тверской земле и лучшим местом в районе озера Селигер. Несмотря на разрушения, имевшие место здесь в советский период и активно ликвидируемые с конца 1990-х гг., монастырь Нилова пустынь является одной из самых замечательных православных обителей России и мира.
На озере Селигер, кроме острова Столобный, еще один остров – Городомля
– имеет очень любопытные страницы в его истории. Этот остров в начале ХVII в. принадлежал боярину Б. Лыкову, который был в близком родстве с царем Михаилом Федоровичем Романовым. В 1629 г. Лыков подарил этот остров монастырю Нилова пустынь. Вскоре монастырь основал на острове Гефсиманский скит; в который за провинность на хлеб и воду ссылали монахов, но туда стремились и монахи, искавшие уединения. В конце ХIХ в. на этом живописном острове побывал художник И.И. Шишкин, который запечатлел дремучий лес острова, предрассветный селигерский туман на своих этюдных полотнах.