В развитии идеологии польских антитринитариев позднее большую роль сыграл мыслитель Фауст Социн. Под его идейным руководством произошло примирение общин антитринитариев с социальной действительностью при одновременном углублении философской критики основ традиционной христианской догматики. На рубеже XVI–XVII вв. для членов общины была допущена возможность обращаться в суд, занимать должности, иметь подданных и т. д. Новая религиозная доктрина, подчеркивая вслед за ранними антитринитариями человеческую природу Христа, изменила тем не менее традиционный взгляд на самую человеческую природу, отвергая учение о первородном грехе и трактовку распятия как жертвы, искупившей грехи человечества. Каждый, кто станет жить по заповедям Христа, достигнет духовного совершенства и вечной жизни в небесном царстве. Социн и его последователи отвергали магическое значение всех обрядов, рассматривая их как внешние, а потому и несущественные знаки духовного преобразования человека и сводя тем самым христианское учение к своего рода моральной доктрине. Деятельность последователей Социна имела в первой половине XVII в. общеевропейское значение, однако она не оказала никакого влияния на Речь Посполитую, где антитринитаризм остался вероисповеданием небольшой прослойки мещанства и группы дворян. Отношение к антитринитариям основной массы господствующего класса было открыто враждебным, они официально были поставлены вне рамок каких-либо соглашений о религиозном мире. Лишь очень, сильные чувства сословной солидарности длительное время препятствовали открытым репрессиям шляхты против антитринитариев — членов своего сословия, укрывавших последователей этого учения в собственных владениях. Однако в 1638 г. декретом сейма была закрыта их академия в Ракове, в 1647 г. — арианские школы и типографии, а в 1658 г. антитринитарии вообще были изгнаны из Речи Посполитой.
Распространение Реформации в Чехии шло иными путями: общественно-политические цели местного дворянства и горожан были достигнуты в период гусизма, когда создавалась не связанная организационно с Римом гуситская церковь. В такой ситуации тот факт, что ритуал и догматика этой церкви (ее особые черты — причащение под двумя видами, культ Яна Гуса) сравнительно мало отличались от католической, особого значения не имел. Эта среда проявила малый интерес к религиозным «новшествам»; напротив, на них сравнительно быстро реагировала католическая, главным образом немецкоязычная, часть населения, которая в первой половине XVI в. стала переходить в лютеранство. По мере распространения реформационной идеологии начался скрытый процесс сближения ритуала и догматики гуситской церкви с лютеранством, который не встречал активного сопротивления, но не привел к слиянию гуситской церкви (в форме новоутраквизма) с лютеранской. Кальвинизм в Чехии, в частности среди чешского дворянства, не получил распространения — дворянство здесь уже и так располагало церковной организацией, находившейся от него в полной зависимости. Контакты с кальвинистами носили политический характер и сопровождались усвоением прежде всего их политических доктрин.
В Чехии XV–XVI вв. положение, в чем-то сходное с положением антитринитариев в польском обществе, занимали «чешские братья». Взгляды основоположника этой организации, мелкого чешского дворянина Петра Хельчицкого, сложились независимо от внешних влияний и объективно были реакцией на положение в стране после поражения левого крыла гуситского движения — таборитов. Хельчицкий и его ученики отвергали всю церковную традицию, признавая лишь авторитет Писания, не считали справедливым общественный строй, основанный на разделении людей на сословия и насилии одних над другими. Но они резко отвергали идею революционного переустройства общества, считая единственно допустимым для христианства «духовный бой», а не какие-либо формы физического насилия. Это учение находило свое воплощение в попытках создания своей, строго изолированной от грешного мира организации, члены которой должны были жить как братья, трудом рук своих в условиях добровольной бедности. Участники общины демонстративно отказывались от образования и науки, как одного из порождений грешного мира. Организация «чешских братьев», пополнявшаяся выходцами из крестьян и ремесленников, постоянно подвергалась суровым преследованиям властей. Однако ко времени распространения реформационных учений в Чехии их община в значительной мере уже прошла тот путь адаптации к современной социальной действительности, который позднее проделали антитринитарии, отказавшись от отрицательного отношения к науке, а главное, разрешив вступление в общину сначала городским патрициям, а затем и дворянам (1530 г.). Это во многом объясняет последующую эволюцию «чешских братьев», вероучение которых заметно сблизилось с лютеранством и новоутраквизмом, что проявилось, в частности, в создании в 1575 г. общего для обоих вероисповеданий изложения символа веры— «Чешской конфессии».