Такая политика не встречала серьезного отпора в польских землях, где протестантская религия ранее навязывалась подданным силой. Иное положение сложилось на белорусских и украинских землях Речи Посполитой. Здесь политика насаждения католицизма и в форме прямого распространения католической религии, и в форме унии между католической и православной церковью встретила серьезное противодействие прежде всего со стороны низов белорусского и украинского общества, видевших в этом стремление иноземных господ — польских феодалов и полонизирующейся местной знати — навязать им не только свою власть, но и свою веру. Это сопротивление не прекратилось и после того, как часть православных епископов под давлением правительства приняла в 1596 г. на синоде в Бресте решение об унии с католической церковью. В первых десятилетиях XVII в. борьба за сохранение своей «русской» веры стала одним из главных стимулов развернувшегося на Украине народно-освободительного движения.
В Чехии и Венгерском королевстве во второй половине XVI в. протестантизм был вероисповеданием большинства населения. Насаждение католицизма было здесь частью курса на установление в этих странах абсолютистской монархии под эгидой Габсбургов. В этих условиях борьба за свободу вероисповедания стала частью борьбы за сохранение городами и дворянством своих сословных привилегий. Хотя деятельность иезуитов и вообще католических духовных учреждений, и полемическаяи проповедническая, велась с большим размахом, результаты ее в общегосударственном масштабе оказались довольно ограниченными. Вплоть до второго десятилетия XVII в. католической религии ни в Чехии, ни в Венгрии не удалось привлечь на свою сторону горожан и дворянство. Слабость позиций католицизма в Чешском и Венгерском королевствах на рубеже XVI–XVII вв. стала очевидной, когда после попыток восстановить католический культ во владениях церкви и феодалов-католиков Габсбурги и епископат решились перейти к осуществлению Контрреформации силой, начав с некоторых земель Венгерского королевства. Эта политика привела к объединению группировок протестантского дворянства разных исповеданий и к их сближению с городами. Внутриполитической кризис 1606–1608 гг. показал слабость позиций сторонников Контрреформации и вынудил их пойти на уступки. Право протестантов всех сословий, включая крестьян, свободно исповедовать свою веру было закреплено рядом соглашений: Венским миром 1606 г. между Габсбургами и Трансильванией; земскими законами, принятыми венским сеймом 1608 г.; «Грамотой величества», выданной в 1609 г. императором Рудольфом II по требованию сословий Чешского королевства. Эти соглашения официально признавали право протестантов иметь не подчиненную правительству церковную организацию.
Хотя все эти соглашения сильно затруднили Габсбургам и католическому клиру проведение их политики, они отнюдь не отказались от нее, возобновив при благоприятной ситуации насильственное насаждение католицизма. Это вызвало новый кризис, приведший к открытому восстанию и низложению Габсбургов чешскими, а затем и венгерскими сословиями. Сословные сеймы, в руках которых в период восстания оказалась государственная власть, изгнали иезуитов, ограничили или даже отменили землевладение католической церкви.
Поражение чешских сословий в битве при Белой горе и победа Габсбургов открыли дорогу к восстановлению католицизма в чешских землях, прежде всего путем административных мер. В 1621 г. было изгнано протестантское духовенство, в 1624 г. католичество объявлено единственным вероисповеданием для горожан и крестьян, а в 1627 г. и для дворян. Наиболее политически и идеологически активная часть протестантского населения эмигрировала. Реставрация католицизма первоначально носила формальный характер, в частности потому, что не хватало приходских священников. В их подготовке главная роль принадлежала ордену иезуитов. К середине XVII в. сеть иезуитских коллегий охватила всю страну. Иезуиты фактически получили и монополию на высшее образование. Созданная при их участии приходская организация и сеть городских и сельских школ способствовали воспитанию населения в духе традиций воинствующего католицизма.