В то же время католицизм должен был сообразовывать свою политику с происшедшими изменениями. Он шел на секуляризацию части церковных имуществ, поступался некоторыми налоговыми, финансовыми и правовыми привилегиями духовенства, соглашался расширить влияние государства в местных церковных делах. Но сохранившийся универсалистский дух и вселенские теократические притязания римско-католической церкви и папства должны были прийти в резкое противоречие с процессами и тенденциями национальной и политической консолидации, которые властно заявили о себе в XVI в.
Наконец, чтобы в новых условиях выстоять, сохранить то, что осталось и, более того, повести ответное наступление на Реформацию, католическая церковь была вынуждена реорганизовать внутреннюю структуру, систему власти и управления: она создала новые, эффективные инструменты, приспособленные к изменившимся условиям общественного и духовного бытия, превратившие ее в деятельное учреждение со стройной организацией, которая позволяла живо реагировать на запросы и веяния эпохи, давать на них ответ, подчинять своей воле массы, воспитывая их чувства и задавая направление религиозным исканиям.
В системе средств проведения Контрреформации важнейшую роль сыграли новые религиозные ордена, инквизиция, книжная цензура, деятельность и постановления Тридентского собора.
Возникшие в средние века ордена не отвечали требованиям, выдвигаемым перед католицизмом распространением Реформации. Некоторые из них подверглись реформе. В 1522 г. был реорганизован орден камальду-лов, ответвление бенедиктинцев. Серьезнее и важнее была реформа в среде францисканцев: в 1528 г. часть обсервантов (ответвление францисканцев) образовала отдельный орден капуцинов, главной целью которого была деятельность в миру, проповеди и служение среди простонародья. Из Италии они распространили свое влияние и на другие страны Европы, завоевывали большую популярность, способствуя удержанию масс в верности католической религии и иерархии. В 1524 г. Каэтано Тьенекий и Джанпьетро Караффа основали конгрегацию монашествующих клириков — орден театинцев — для воспитания строгих нравов у священников. По образцу этого питомника церковных прелатов были созданы сообщества барнабитов, сомасков, ораторианцев (или тринитариев), которые, как и новые ордена урсулинок, братьев милосердия, взяли на себя труды по общественной благотворительности, образованию и воспитанию нравов, что должно было содействовать восстановлению подорванного авторитета католицизма и развитию аскетических тенденций в самой церкви.
Особую роль в ответном наступлении на Реформацию, в воздействии на широкие слои верующих, в придании нового облика воинствующей церкви сыграло Общество Иисуса, официально утвержденное папской буллой в 1540 г. Основателем и первым генералом ордена иезуитов был испанский дворянин Игнасио Лойола (1491–1556), сложный путь духовного развития которого привел к идее безоглядного служения церкви. Краеугольным камнем всего Общества Иисуса была железная дисциплина, беспрекословное подчинение приказам. Помимо обычных монашеских обетов целомудрия, нестяжания и послушания, члены «Иисусова воинства» связывали себя особой клятвой верности римскому первосвященнику. Требуя полного самоотречения, иезуитская мораль совершенно уничтожала личное начало в жизни человека, его собственное «я». Адепты ордена, обязанные совершенным послушанием, уподоблялись посоху в руках начальников. Устав Общества, принятый в 1558 г., требовал от иезуитов по предписанию начальника совершения греха, вплоть до смертного.
Во главе Общества Иисуса, основанного на началах строгой централизации, стоял пожизненно генерал, полновластно руководивший всеми действиями ордена. При нем имелся совет с функциями совещательной и контролирующей инстанции. И генерала, и совет избирало общее собрание, или генеральная конгрегация, которой формально принадлежала высшая власть. Общество строилось по иерархическому принципу, члены его подразделялись на несколько классов. Оно имело прочную организацию на местах, нижнюю ступень которой составляли поселения, резиденции и миссии, затем коллегии, новициаты и дома профессов. Иезуиты разделили мир на провинции во главе с провинциалами; несколько провинций входили в ассистенции; возглавлявшие их ассистенты были членами центрального руководства. Независимость ордена от светских и духовных властей превращала его в автономное религиозно-политическое сообщество в любой державе.