Долгое время папству, наученному опытом XV в. опасаться притязаний собора на верховную власть в церкви, удавалось затягивать его созыв, на котором настаивали не только протестанты, но и католики. Император надеялся использовать собор в своих интересах как средство борьбы с Реформацией, давления на папство, утверждения своего преобладания в Европе. Подготовка собора продолжалась почти десять лет. После всевозможных проволочек собор начал свои заседания в декабре 1545 г. в североитальянском городе Тренто (лат. Tridentum), входившем в состав Империи. Тридентский собор, заседания которого продолжались 18 лет, призван был консолидировать все силы, остававшиеся верными Святому престолу. Его постановлениями католическая церковь определила свое отношение к протестантизму, осудив основные догматы новых учений.
В Тренто взяло верх консервативное, строго папистское направление. Этому способствовали значительное влияние иезуитов на выработку и принятие соборных постановлений, беззастенчивая и ловкая деятельность папских легатов, председательствовавших на соборе и присвоивших безраздельное право вносить предложения на его рассмотрение, послушность указаниям из Рима большинства участников с решающим голосом. Папство сумело отстоять собственную власть от покушений собора на верховенство и от притязаний епископов, требовавших независимости, и воспротивиться сколько-нибудь серьезным нововведениям и преобразованиям в церкви.
Уже в первые месяцы работы собора было постановлено, что апостольское предание должно почитаться наравне со Священным писанием: этим утверждалась преемственность установлений средневековой церкви и отвергался протестантский тезис об исключительном авторитете Писания в делах веры. Было подтверждено декретом, что латинский перевод Библии должен считаться аутентичным, или годным для догматических доказательств; за церковью сохранялось исключительное право толковать Священное писание.
Постановления собора о первородном грехе, об оправдании, о таинствах дополняли предшествующие. Путь для компромиссного решения вероисповедных разногласий был закрыт. Протестанты, пославшие представителей на вторую сессию собора (май 1551— апрель 1552 г.), обусловили свое участие в заседаниях требованием провозгласить собор выше папы, а уже принятые без них соборные постановления признать недействительными. Это было неприемлемо как для курии, так и для отцов собора.
На третьем этапе работы собора (январь 1562 — декабрь 1563 г.) папство столкнулось с широкой оппозицией епископов, преобразовательными устремлениями могущественнейших светских владык и некоторых национальных церквей католической части Европы. Речь шла о реформе иерархии, богослужения, церковных порядков и нравов. Отсутствие единства дало возможность строгим ревнителям католической ортодоксии сохранить в неприкосновенности устои церкви. Декретом о мессе подтверждалось все, что было усвоено обычаем, отвергались лишь некоторые суеверия; были сохранены немые и заупокойные обедни, а также латинский язык при богослужении и свершении обрядов. Брак священников не допускался. Причастие под обоими видами, т. е. хлебом и вином, собор провозгласил небожественным установлением, признав церковь вправе его регулировать по своему усмотрению, что давало удобный повод воспротивиться популярному требованию о предоставлении мирянам чаши. Вопрос о епископской резиденции, который обсуждался в канонах, касавшихся таинства священства, вызвал на заключительном этапе ожесточенные дискуссии. Еще в 1547 г. был принят декрет против епископов, пренебрегавших своими пастырскими обязанностями. В 1562–1563 гг. большая группа прелатов высказалась за то, чтобы провозгласить божественными установление и права епископского сана. Это требование затрагивало самые важные принципы иерархии, подрывая верховную власть папы, авторитарный строй католической церкви. Дело кончилось компромиссом, выгодным папству. Иерархия была признана необходимой, епископская власть — законной, особым каноном — законность епископов, утвержденных папой. Таким образом, сам «собор монархическую власть папы поставил на место аристократической власти собравшихся на синод епископов».
Общая реформа нравов и управления духовенством, декретированная собором, предусматривала правила назначения и определяла круг обязанностей кардиналов и епископов, предписывала ежегодное проведение епархиальных и раз в три года провинциальных синодов, усиление епископского надзора за подопечным духовенством, реорганизацию соборных капитулов, монашеских орденов. Из постановлений, касавшихся низшего клира, важнейшее повелевало в каждой епархии учредить семинарии для пестования молодых священников. Вводились также меры против злоупотреблений, сеявших в церкви смуту и подрывавших ее авторитет: упорядочивалось управление церковными имуществами, воспрещались торговля духовными должностями, всякого рода вымогательства, сосредоточение в одних руках нескольких бенефициев.