Принятием наспех составленных декретов о чистилище, индульгенциях, почитании святых, мощей и церковных образов собор завершил работу в декабре 1563 г. В январе 1564 г. Пий IV утвердил его постановления, оставив за Святым престолом исключительное право их толкования. Все дело собора было поставлено в полную зависимость от папы, власть которого признавалась высшей и непререкаемой. Победа римской курии — итог предшествовавшего развития церкви — отражала ситуацию, сложившуюся в ней по мере развертывания Контрреформации, когда верх взяли наиболее реакционные круги, приверженные идеалу папского главенства в церкви и господства церкви над государством. Из-за покушений Рима на прерогативы светской власти Франция не признала собор, а Филипп II, швейцарские католические кантоны, князья католической части Империи опубликовали его декреты не сразу и с оговорками.
Папство вышло из соборных битв со всеми своими прежними притязаниями. Добившись осуждения Реформации и всех новшеств, несших угрозу католицизму, оно использовало постановления собора, чтобы превратить церковь под своим главенством в строго централизованную организацию, способную расширить свое влияние в массах верующих, сосредоточить силы для активной наступательной борьбы с религиозными противниками.
Важнейшим моментом церковной реорганизации явилась реформа центрального управления. Пий V ввел жесткую экономию, вдвое сократил римский двор, установил санкции против злоупотреблений и распущенности духовенства, запретил пожалование церковных имений в лен, стремясь положить конец образованию из них независимых владений. Значительно увеличивалась роль собственной папской канцелярии в управлении церковными делами. Коллегия кардиналов при Сиксте V (1585–1590) была ограничена 70 членами; из них по образцу уже имевшихся создавались комитеты, или конгрегации, общее число которых составило 15. Эти конгрегации занимались общими делами церкви и вопросами управления Папской областью. Еженедельные консистории всех кардиналов, находившихся в Риме, продолжались, но их функции становились все более формальными. Коллегия кардиналов в результате реорганизации окончательно потеряла прежнее значение и превратилась в административный орган папской политики, полностью подчиненный папе. Абсолютистские тенденции в церковном строе восторжествовали.
В понтификат Григория XIII (1572–1585) были учреждены постоянные нунциатуры при дворах светских и духовных государей, прежде всего в Германии. Представители Рима стали проводниками контрреформационной политики во всех уголках Европы, координируя усилия католической реакции для борьбы с протестантизмом.
Рядом реформ вводилось единообразие в католическую литургию, исправлялись богослужебные книги и обряды, предусматривались меры для надлежащей подготовки священников. При Сиксте V в 1588 г. была создана специальная конгрегация по церковным обрядам. Во второй половине XVI — начале XVII в. в ряде изданий были уточнены католические ритуалы и церемонии. По решению Тридентского собора вышло новое исправленное издание Вульгаты (1592 г.). Все эти меры должны были служить упрочению католической церкви изнутри как общины верующих, внеся ясность, порядок и единообразие в отправление религиозного культа.
Политическая мысль Контрреформации строилась на признании верховенства папы в делах духовных и светских. Правда, иезуит Роберто Бёллармино (ум. 1621 г.) учил, что у Святого престола нет прямой власти в мирских делах, а есть только власть косвенная. Однако его собрат по ордену Франсиско де Суарес (ум. 1617 г.), последовательнее развивая теократический идеал, признавал за папой безоговорочное право низлагать монархов и освобождать их подданных от присяги. В стремлении принизить светскую власть перед духовной, якобы только и обладающей прямым божественным происхождением, иезуиты провозглашали народ носителем верховной власти, которой он может по своему выбору наделять то или иное лицо. Испанский иезуит Хуан де Мариана (ум. 1623 г.) делал крайние выводы из этого учения и доказывал истинность особенно популярной в кругах фанатичных ревнителей католицизма идеи о праве подданных восстать и свергнуть государя, даже убить его, если он оскорбляет религию или злоупотребляет властью. Разумеется, это право не распространялось на такие абсолютистские монархии, как испанская.
Против иезуитов выступили во Франции и других странах поборники независимости национальных церквей и светской государственности. Паоло Сарпи, монах и советник венецианского правительства в борьбе с с папой Павлом V, возражая Беллармино и Адаму Таннеру, развивал положение, нашедшее широкий отклик по всей Европе, о том, что в мирских делах только государство обладает властью, полученной непосредственно от Бога.