Контрреформационный католицизм поначалу враждебно отнесся к мистике. Хуан де Вальдес (ум. 1540 г.) и его последователи в Неаполе были заподозрены в ереси, а течение «алумбрадос» в Испании подверглось в середине XVI в. беспощадному преследованию инквизиции. В мистике церковь настораживала проповедь внутренней религиозности и самоуглубления, выдвижение на первый план субъективного опыта, а не официально признанного откровения, предпочтение личного самоусовершенствования церковным таинствам и обрядам. Однако уже иезуиты, и прежде всего Лойола в «Духовных упражнениях», обратились к мистике как к главному средству воспитания, поставив внутренний опыт целиком под контроль руководителя, подвергнув тщательной регламентации всякое движение души. Это был путь не к озарению и созерцанию, но к абсолютному послушанию, когда приносились в жертву собственная воля человека и способность суждения, все сугубо личные чувства и влечения. Другое направление, не сразу принятое церковью, представляла Тереса де Хесус (ум. 1582 г.). Основываясь на традициях испанской и нидерландской мистики, она учила погружению в религиозный экстаз, в глубины внутреннего созерцания. Под ее влиянием находился Франциск Сальский (ум. 1622 г.). Он сделал мистику столь популярной, особенно в высших слоях общества, что некоторые ее элементы стали неотъемлемой частью контрреформационного идеала благочестия.
Совершив реорганизацию и выработав непримиримую позицию в отношении новых учений, церковь с середины XVI в. взяла курс на повсеместную реставрацию католичества. В борьбе различных общественных группировок она поддерживала те, которые в сложившихся условиях обещали наилучшую защиту ее дела. В наследственных владениях Габсбургов, в верхненемецких княжествах она помогала государям против сословий; в Англии, Ирландии и Франции покровительствовала антиправительственной католической оппозиции, опиравшейся на самые разные социальные слои; в валлонских провинциях Нидерландов она нашла приверженцев и в дворянстве, и в крестьянстве; в рейнских землях встречала сочувствие влиятельных сил в среде горожан (патрициата в Кёльне, бюргерства в Трире). Контрреформация, однако, была особенно притягательна для феодального класса, религиозная реакция нашла политического союзника в абсолютистской власти и в крупных государствах Европы — Испании, Португалии, Империи, в конечном итоге и во Франции, и в мелкодержавных владениях Южной Германии и Италии.
Сотрудничая со светскими суверенами, поддерживая активную борьбу с Реформацией, Святой престол не отказывал и в конкретной помощи против протестантизма деньгами, солдатами, священнослужителями, пожертвованием церковных имуществ или заключением союзных договоров. Пий V поддерживал герцога Альбу в Нидерландах, предоставил Карлу IX для борьбы с гугенотами свои войска, участвовал в заговорах против Елизаветы I. Папы покровительствовали католической партии в гражданских войнах во Франции, антианглийским восстаниям в Ирландии, испанцам в Нидерландах, савойским герцогам в борьбе с кальвинистской Женевой, сплочению швейцарских кантонов, верных Риму, торжеству католицизма в Речи Посполитой и ряде земель Империи.
Главной политической и военной силой Контрреформации были Габсбурги, в XVI в. испанские, а в XVII в. австрийские. Филипп II Испанский, опираясь на мощь своей обширной державы, международные союзы и поддержку католических группировок в отдельных странах, повел наступление на протестантизм по всей Европе. Он посылал войска в Нидерланды, поддерживал реакционные силы во Франции, содействовал восстановлению католичества в германских землях. Под предлогом защиты религии он заключил союзы с папой Сикстом V и католическими кантонами Швейцарии, образовавшими в 1586 г. Золотую, или Борромееву, лигу. Не ограничившись тайной помощью католикам на Британских островах и в Ирландии, Филипп II стремился сокрушить самую сильную цитадель протестантизма в Европе — английскую монархию.