Если в иезуитах католицизм обрел свое главное наступательное оружие для борьбы с Реформацией, то инквизиция и книжная цензура использовались прежде всего как охранительные меры. Введенные для борьбы с религиозным инакомыслием, они нанесли сильнейший удар по гуманизму, по всей ренессансной культуре, прежде всего в Италии. В 1542 г. была реорганизована инквизиция и в Риме создан верховный инквизиционный трибунал с неограниченной властью в делах веры и юрисдикцией, распространяющейся на все католические государства. Инициатором учреждения римской инквизиции и первым ее руководителем был кардинал Караффа. В различные страны посылались комиссары «Святой службы». В новом своем статусе инквизиция была допущена далеко не всюду и не без ограничений: во Франции, в Венеции и Флоренции она действовала под контролем светских властей; Карл V в Неаполитанском королевстве, а Филипп II в Миланском герцогстве принуждены были отказаться от попыток ввести инквизицию по испанскому образцу.
В самой Испании инквизиция жестоко расправлялась с обращенными в христианство магометанами и иудеями, а затем с «алумбрадос» — течением христианской мистики, и с сочувствовавшими протестантским учениям. Действия ее в Нидерландах встретили упорное сопротивление населения и сыграли значительную роль в развертывании антииспанской борьбы. В Италии возобновление инквизиции совпало с началом широкого исхода сторонников новых религиозных учений в протестантские земли. С 40-х годов начались аутодафе с отречениями или казнями еретиков, сперва в папском, а затем и в других итальянских государствах, не исключая и Венеции.
«Святая служба» приобрела невиданную власть. Великие инквизиторы Караффа и Микеле Гисльери, став папами Павлом IV (1555–1559) и Пием V (1566–1572), даровали ей исключительные права, отменили все изданные до этого ограничительные постановления и фактически лишили Святой престол верховной власти в делах веры в пользу инквизиционного трибунала. Инквизиция развила издревле присущий католической церкви дух авторитарности и нетерпимости, почти маниакальной подозрительности ко всему новому и беспощадной жестокости к противникам. Казни протестантов приобрели невиданный размах, инквизиторы вдохновляли резню вальденсов в Южной Италии, походы против них в Пьемонте, массовое избиение мятежных морисков в Испании. Контрреформационный католицизм не желает отныне мириться ни с какой формой свободомыслия. Он вступает в непримиримое противоречие с критически-рационалистическими тенденциями в гуманизме, с развивающимися в науке принципами независимого исследования, которые подвергаются с его стороны систематическому преследованию. На эшафоте погибают бывший апостолический протонотарий, сторонник религиозного обновления Пьетро Карнесекки (1567 г.), гуманист и реформатор Аонио Палеарио (1570 г.), утопист Франческо Пуччи (1597 г.), философы Джордано Бруно (1600 г.) и Джулио Чезаре Ванини (1619 г.), Томмазо Кампанелла 33 года томится в тюрьмах, Галилео Галилея в результате затеянного против него процесса вынуждают к отречению от своих научных воззрений.
Террор инквизиции дополнялся строжайшей книжной цензурой. В 1543 г. Караффа запретил печатать любые сочинения без дозволения инквизиторов, которые надзирали также за торговлей книгами и их пересылкой. Первые каталоги запрещенных книг были составлены по инициативе местных церковных властей в Лувене, Париже, Венеции, Флоренции и Милане, в 1559 г. в Риме появился пресловутый Индекс запрещенных книг, обязательный уже для всей церкви. В него вошли сочинения реформаторов и книги, не соответствовавшие контрреформационному пониманию католического благочестия, даже одобренные прежними папами, например Эразмовы «Примечания к Новому завету» или «Проект исправления церкви», одним из составителей которого был сам Караффа. Законы о книжной цензуре имели в виду не только издателей и торговцев, но и частных лиц, которым угрожало инквизиционное преследование за чтение, хранение, распространение запрещенных книг или недонесение о них. Католическая реакция прибегала к самым крайним средствам в борьбе против любых проявлений независимого духа и завещанных Возрождением, а затем подхваченных передовыми протестантскими мыслителями принципов свободы совести.