В этих условиях лишь часть крестьянских и городских низов откликнулась на лозунги народной реформации в годы Великой крестьянской войны в Германии. Наиболее ярко это проявилось в известных волнениях горнорабочих в Яхимове 1525–1526 гг.
С начала 60-х годов XVI в. на общественно-политическую жизнь стран Центральной Европы стал накладывать все больший отпечаток подъем католической Контрреформации. После Тридентского собора ослабленная в период роста реформационного движения централизация католической церкви заметно усилилась, ее религиозная политика стала в большей мере подчиняться указаниям Рима. Цели и методы политики, направленной на утверждение католицизма в Центральной Европе, были аналогичны тем, которые использовались католической церковью в странах Западной Европы. Главным орудием Контрреформации стал и в этих странах орден иезуитов. В Чехии иезуиты появились в конце 50-х годов XVI в., в Польше — в середине 60-х годов; к середине 80-х годов они обосновались в венгерских владениях Габсбургов и Великом княжестве Литовском; при поддержке Стефана Батория им к концу 70-х годов удалось проникнуть на территорию Трансильванского княжества. Как и в других регионах Европы, иезуиты здесь вели с широким размахом устную и письменную полемику, уделяя большое внимание подготовке духовенства, созданию училищ, где могли бы воспитываться в нужном им духе представители местной знати.
Из Трансильвании иезуиты в 1602 г. были окончательно изгнаны. Иное положение сложилось в державах австрийских Габсбургов и в Речи Посполитой, где католические духовные учреждения, и в особенности орден иезуитов, могли рассчитывать на всемерное содействие центральной власти реставрации католицизма. Однако во второй половине XVI — начале XVII в. центральная власть обладала слишком ограниченными возможностями, чтобы ее поддержка сама по себе могла обеспечить успех Контрреформации. Очень многое зависело от позиции местного дворянства и выражавших его волю сословных учреждений.
В этом отношении положение в Чехии и Венгерском королевстве оказалось существенно иным, нежели в Речи Посполитой. В Речи Посполитой протестантизм остался исповеданием явного меньшинства и среди дворянства, и среди горожан. Не была существенно нарушена организационная структура католической церкви, она сохранила здесь и большую часть своих имуществ.
Условия для борьбы за реставрацию католицизма здесь были сравнительно благоприятными. В городах эта борьба облегчалась тем, что протестантской в них была по-прежнему лишь определенная прослойка в среде цеховой верхушки и патрициата: это позволяло иезуитам натравливать на еретиков городские низы. Именно благодаря спровоцированным при попустительстве правительства выступлениям этих низов были разрушены и перестали функционировать протестантские «зборы» в ряде наиболее крупных городов.
К дворянству не применялось какое-либо насилие, однако католикам правительство оказывало предпочтение при раздаче должностей. Значительная часть протестантов-феодалов в конце XVI — начале XVII в. вернулась в католицизм по иным причинам: сыграла свою роль отрицательная реакция дворянства на продолжавшуюся дифференциацию протестантских доктрин, приведшую, в частности, к появлению учений, ставивших под сомнение существующее общественное устройство. Имело значение и то, что, присоединяясь к Реформации, польские дворяне руководствовались прежде всего политическими соображениями, рассматривая ее как часть реформ, направленных на упрочение роли дворянства в государстве. К концу XVI в., достигнув в основном своих целей, дворянство от стремлений к реформам все более переходило к идеям консервации сложившихся политических и общественных институтов. В Речи Посполитой распространение католицизма происходило в условиях дальнейшего ослабления центральной власти, и восхваление абсолютистской монархии, как наилучшей формы правления, не стало здесь частью официальной доктрины Контрреформации. Наконец, для значительной части господствующего класса было существенно, что переход на позиции Контрреформации обеспечивал поддержку восточной экспансии польско-литовских феодалов со стороны папства и международных центров католической реакции. Почти с самого начала программа Контрреформации в Речи Посполитой предусматривала обращение в католицизм не только протестантского, но и православного белорусского и украинского населения этой страны.