В 20-х числах ноября 1905 г., когда слухи о проекте Н.Н. Кутлера широко распространились, на рассмотрение Николая II поступила записка «О недопустимости дополнительного наделения крестьян». Царь одобрил автора резолюцией: «Это умная записка». Есть предложение, что ее автором был В.И. Гурко, которому было поручено создать и возглавить комиссию по согласованию Манифеста от 3 ноября 1905 г. с действующим крестьянским законодательством. Далее, на заседаниях 18 и 25 ноября 1905 г., В.И. Гурко выступил со своей программой ликвидации кризиса крестьянского хозяйства. Главное направление, по его мнению, заключалось не столько в ликвидации малоземелья как такового, сколько в общем подъеме уровня сельскохозяйственной культуры, для чего необходимо было создать среднее землевладение фермерского типа по западно-европейскому образцу. Отличительным признаком такого землевладения В.И. Гурко считал личное участие владельца в ведении хозяйства «хотя бы с помощью наемных рабочих». Таким образом, среднему (фермерскому) землевладению придавалось первостепенное политическое значение, крупному же дворянскому землевладению В.И. Гурко дал отрицательную экономическую оценку. В том же духе выступил и Д.Ф. Трепов. При этом данная позиция представлялась не как личное мнение, а как мнение Министерства внутренних дел, так как этот доклад был первоначально одобрен П.Н. Дурново64
.Выступления В.И. Гурко и Д.Ф. Трепова по существу явились приговором совещанию о мерах к укреплению крестьянского землевладения, так как они расходились с направлением, которое предлагал сам С.Ю. Витте. В январе 1906 г. по его представлению горемыкинское совещание было закрыто, в феврале 1906 г. Комитет по земельным делам как еще «не приступивший к своей деятельности» был распущен. Таким образом, данное Особое совещание, по образному выражению С.Ю. Витте, «ничем не кончилось». Однако главным достижением работы Особого совещания под председательством И.Л. Горемыкина было то, что на нем начал проявляться будущий столыпинский курс реформирования крестьянской общины. Тем более что 16 апреля 1906 г. С.Ю. Витте, который оказался слишком «левым» для того времени, ушел в отставку и дорога к новому курсу в аграрной политике оказалась открытой. Нужен был только человек, который бы взял на себя ответственность за последствия этого курса. Таким человеком и стал П.А. Столыпин, назначенный 26 апреля 1906 г. министром внутренних дел. 8 июля 1906 г. П.А. Столыпин стал председателем Совета министров, сохранив за собой портфель министра внутренних дел. 26 августа в правительственном сообщении он опубликовал обширную программу реформ, где среди прочих нововведений особое внимание уделялось аграрному вопросу. При этом П.А. Столыпин пошел даже против мнения Государственного совета и многих министров своего правительства, которые считали невозможным немедленное проведение реформы без участия Государственной думы.
Крестьянскому поземельному банку вменялось в обязанность формирование земельного фонда, который впоследствии продавался бы крестьянам. Был издан целый пакет законодательных актов, определивших его функции в новых условиях. В Манифесте «Об улучшении благосостояния и облегчения положения крестьянского населения» от 3 ноября 1905 г. Крестьянский банк был призван «к особо напряженному участию… в выполнении неотложных задач правительственной деятельности». На него была возложена задача «оказывать крестьянам возможно более широкую помощь как путем выдачи ссуд для покупки земли, так и усилением операции по приобретению земель за счет собственных средств банка». Тем самым Крестьянский банк должен был способствовать «прочному насаждению в среде крестьянского населения единоличной собственности на землю как основы преобразования хозяйственного уклада сельской России».
28 апреля 1906 г. Государственный Совет предоставил Крестьянскому банку право при производстве операций с землями, заложенными в Дворянском и акционерных земельных банках, принимать на себя долги этих кредитных учреждений. 21 марта 1906 г. был принят Закон об изменении способа выдачи ссуд из Дворянского и Крестьянского банков, устанавливающий, что выдача ссуд будет производиться не наличными деньгами, а процентными бумагами. До этого при низком курсе процентных бумаг банк должен был возмещать разницу из своих средств. При общем падении курса государственных фондов, в том числе свидетельств Крестьянского банка до 79 %, как это произошло в конце 1905 г., и при широком развитии операций Крестьянского банка потери на курсе даже в самое непродолжительное время поглотили бы всю наличность его собственного капитала.