Апостольский престол, как и следовало ожидать, проявил по этому случаю показное негодование. Иннокентий III выразил «безмерную скорбь» по поводу того, что крестоносцы пролили «братскую кровь» и нарушили его запрет «нападать на христианские земли». Этими «жалкими словами» и ограничились бы практические результаты папского гнева, если бы опрометчивые воины креста сами не напросились на более крутые меры. Дело в том, что Иннокентий III первоначально не собирался применять сколько-нибудь серьезных церковных кар против нарушителей его запретов. Папа вынес весьма снисходительный приговор крестоносцам. В послании, составленном для солдат Христа, папа заявлял, что готов простить их прегрешения. Ведь, захватывая Задар, они поступали, мол не по своей воле, а лишь «подчиняясь необходимости». Пусть только они, увещевал Иннокентий III крестоносных грабителей, «не прибавляют греха к греху», пусть воздержатся от дальнейших разрушений в Задаре и возместят ущерб, нанесенный венгерскому королю. Лишь в случае, если они ослушаются этих рекомендаций, им не избежать отлучения.
Глава католической церкви определенно уклонялся от применения высшей церковной кары к своему воинству: о возможности отлучения он упоминал в конце письма в очень сдержанных выражениях.
Сами «крестоносные болваны», однако, поставили папу перед необходимостью не оставлять безнаказанным совершенное ими преступление. Страх перед отлучением вселил в крестоносцев убеждение, что за свои дела они в глазах папы заслуживают отлучения от церкви. Тогда рыцари креста отрядили в Рим депутацию во главе с французским епископом Нивелоном Суассонским, которая явилась к папе с повинной головой. Уполномоченные крестоносцев изложили ему обстоятельства дела, представили различные оправдательные соображения, а под конец уверили Иннокентия III в том, что отныне они готовы полностью повиноваться апостольскому престолу и следовать в «святую землю». Они, конечно, не подозревали о подлинной роли в событиях 1202 г. самого римского первосвященника, фактически способствовавшего захвату Задара.
Иннокентий III был поставлен в неловкое положение. Нужно было открыто высказать отношение римского престола к происшедшему. И уж коль скоро сами крестоносцы признавали себя достойными отлучения, Иннокентий III не мог ничего «не замечать». Заготовленное ранее письмо не было отправлено. Послы крестоносцев были приняты со всей суровостью. Воины креста, сами признавшие, что подлежат наказанию, подверглись церковному отлучению. Но папа тут же, сменив гнев на милость, поручил кардиналу Петру Капуанскому снять отлучение, взяв с крестоносцев клятву, что отныне они будут строго повиноваться апостольскому престолу.
Приличия ради Иннокентий III лишил своей милости только венецианцев: отлучение над ними сохранялось в силе. Нельзя же было оставить совсем без последствий эту неприятную историю. Впрочем папа сразу же, во избежание недоразумений, оговорился: да, венецианцы преданы анафеме, но это не должно помешать крестоносцам пользоваться флотом отлученных и поддерживать общение с ними. Ведь если церковь наказывает главу семьи и хозяина дома (т. е. Дандоло), это не значит, что членам семьи возбраняется разделять с ним кров (венецианские корабли) и поддерживать общение (т. е. принимать услуги венецианцев). Ради достижения высших целей приходится, писал папа крестоносцам, «переносить многое». Бог да простит их! Такова была казуистическая аргументация папы, направлявшего крестоносцев к «высшим целям». Правда, убедительность этой образной аргументации показалась сомнительной вождю крестоносцев: Бонифаций Монферратский почел за лучшее до поры до времени не разглашать содержания апостольского послания, излагавшего папскую волю: как бы оно все же не задержало всей экспедиции. Крестоносцы так и не узнали об отлучении папой Венеции.