Резюмируя, А. С. Батуев пишет: «Мы привыкли эти „простые“ рефлексы, пользуясь павловской терминологией, именовать безусловными. Исследователи, как правило, довольствовались чисто внешним проявлением „рефлекса“ — наличным раздражителем и видимой реакцией. Именно такова идеология бихевиоризма и необихевиоризма. Представители этих широко распространенных течений стояли как раз на таких позициях, игнорируя центральные механизмы поведенческого акта и сводя его лишь к видимым внешним проявлениям». (Батуев А. С., 2012)
Хотя неудовлетворительность рефлекторного объяснения элементарного поведенческого акта довольно давно очевидна для многих, однако разработка более конструктивных решений этой проблемы долгое время сдерживалась тем обстоятельством, что для отказа от многовековых рефлекторных традиций в физиологии необходима весьма значительная перестройка всей системы сложившихся представлений. (Швырков В. Б., 1978)
Существует мнение, будто бы в связи с тем, что в последние годы работы И. П. Павлова прошли в специфическом политическом окружении, когда его научная теория стала рассматриваться как воплощение официальной идеологии, качество поздних работ павловских лабораторий стало сомнительным, тем более что критика теории высшей нервной деятельности была запрещена (Сироткина И., Смит Р., 2016).
В. Т. Кудрявцев (2016) считает, что свой «редукционизм Павлов культивировал вполне сознательно и воинственно, вплоть до „фальсификации“ условий эксперимента — подавая пример и ученикам, хотя за последующие их действия он, как принято говорить, ответственности не несет (или все-таки — ограниченную, но несет?).»
По мнению П. Г. Белкина (1994) «беспощадная борьба с инакомыслием в физиологии и до Павловской сессии, и во время нее, и в последующие годы велась под двумя лозунгами: „охраны чистоты Павловского учения“ и его „плодотворного развития“. Если первый лозунг подразумевал охрану „священных основ“ учения Павлова, то второй предполагал „развитие“ тех научных направлений, которые, по существу, не меняя „ни единой буквы в Законе“, создавали бы видимость интенсивного развития Павловского наследства. Неудивительно, что на протяжении многих десятков лет „типовым“ названием диссертации на соискание ученой степени во всех, хоть как-нибудь связанных с физиологией, науках стало „Влияние … на условнорефлекторную деятельность …“ В поисках требуемой ВАКом научной „новизны“ были загублены поистине легионы млекопитающих, птиц, рыб, и двоякодышащих, изучено воздействие всех мыслимых и немыслимых факторов химической, физической, биологической природы.»
И если бы не смерть И. В. Сталина, борьба с оппонентами рефлекторного подхода, была бы доведена до конца, и она бы неминуемо повлекла за собой замену психологической методологии, способа мышления, исследований, институтов и персонала на «павловскую» физиологию, т. е. «окостеневшую версию теории условных рефлексов». (Сироткина И., Смит Р., 2016).
По мнению английского нейрофизиолога С. Роуза (1995), физиология Павлова была откровенно механистической, и он интерпретировал получаемые результаты весьма прямолинейно. С его точки зрения Павловская школа занималась «…изучением феноменологии условных связей и построением абстрактных схем мозговых функций, возможно, лежащих в их основе. В десятилетия власти Сталина и его последователей изучение мозга и поведения в Советском Союзе было загнано в рамки ортодоксальной павловской теории, хотя появлялись новые поколения ученых, которые, отдавая дань бесспорным достижениям Павлова, стремились более свободно развивать теоретические исследования.» (Роуз С., 1995) Догматизация учения И. П. Павлова, его высокая авторитарность порой приводила к имитированию научной деятельности. Так в своей книге «Устройство памяти. От молекул к сознанию» С. Роуз пишет: «Во время моего последнего приезда в получивший свое прежнее название Санкт-Петербург я посетил институт, который теперь носит имя Павлова, и видел его превращенную в музей лабораторию. К немалому своему удивлению я обнаружил по соседству точно такую же действующую лабораторию, где до последних деталей воспроизводятся опыты Павлова с той лишь разницей, что кормление животных и регистрация слюноотделения производятся теперь с помощью компьютерных программ. Увы, это не демонстрационное воспроизведение классических экспериментов; это пример закамуфлированного под науку идолопоклонства.» (Роуз С., 1995)