В 1472 г. Джами отправился в паломничество, продлившееся почти полтора года. Его сопровождали ученики и последователи, ему устраивались торжественные встречи, он блистал в диспутах и беседах. Однако по возвращении в Герат Джами узнал о нападках некоторых багдадских богословов шиитского толка, которые усмотрели в его выступлениях искажение вероучения. Несмотря на то, что обвинение было официально снято, Джами распустил своих мюридов и после этого случая поддерживал связь лишь с близкими друзьями. В это время он теснейшим образом общается с ‘Алиширом Наваи, который в 1476/77 г. стал его учеником. Как результат многолетней дружбы и длительного духовного общения в творчестве двух поэтов сложилась единая идейно-художественная концепция, а их взгляды способствовали созданию особого культурного климата в Герате.
Джами умер в 1492 г. Его хоронила правящая фамилия, вельможи, высшее духовенство и ученые. Возглавляли траурную процессию тимуридские принцы и Наваи.
Даже простой перечень произведений Джами, дошедших до нас практически полностью, свидетельствует о масштабе его литературных дарований и широте научных интересов, а также о чрезвычайной творческой плодовитости. Нет по существу ни одного жанра классической литературы, в котором он не пробовал бы своих сил. Джами в равной мере можно считать выдающимся религиозным деятелем, ученым, богословом и литератором своего времени. Его перу принадлежат многочисленные трактаты по различным областям традиционной мусульманской науки (комментирование Корана и хадисов), сочинения по теории и практике суфизма и мистической философии, агиографии, комментарии к трудам авторитетных суфийских теоретиков (преимущественно Ибн ал-‘Араби и его комментаторов). Джами являлся также составителем целого ряда трактатов по теории поэзии – «Послания об ‘арузе
» (Рисала-йи ‘аруз) и «Послания о рифме» (Рисала-йи кафийа), четырех пособий по разгадыванию буквенных шарад. Среди научных сочинений Джами можно обнаружить также трактаты по грамматике, теории музыки, разнообразные комментарии на поэтические произведения предшественников. Характерно, что ученые занятия Джами теснейшим образом связаны с его педагогической деятельностью как на поприще суфийского наставника, так и в качестве главы поэтической школы и покровителя молодых дарований. Большинство теоретических произведений Джами, а также его комментаторских трудов создавалось в ответ на просьбы учеников и послушников. Сходную роль, по-видимому, играли отчасти и те образцы лирического творчества поэта, в которых он намеренно следовал стилю или индивидуальной манере знаменитых поэтов прошлого (Са‘ди, Амира Хусрава, Хафиза и др.).Существуют документальные свидетельства того, что Джами в последние годы жизни лично подготовил полное собрание своих произведений. В предисловии к Куллийату
автор писал: «Речь моя на протяжении жизни разнообразна… Иногда это – проза, а иногда – поэзия… И хотя каждое из этих произведений в отдельности было рассмотрено и одобрено проницательными критиками…, без сомнения собранное целое обладает таким свойством, которого нет в разобщенных частностях… Поэтому мне представляется целесообразным составить такое собрание сочинений, чтобы зерцалом красоты его целостности и мерилом совершенства его собранности явилось бы гармоническое единство множества его составных частей» (перевод А. Афсахзода).Следуя принципу, впервые примененному Амиром Хусравом Дихлави, Джами собрал свои монорифмические стихотворения в три Дивана
: «Начало юности» (Фатихат аш-шабаб, 1479), «Средние жемчужины ожерелья» (Васитат ал-‘икд, 1489), «Завершение жизни» (Хатимат ал-хийат, 1491). Подобный хронологический принцип собирания Диванов и заглавия, которые соответствовали времени написания стихов, были подсказаны Джами его другом и учеником Наваи, который, в свою очередь, последовал примеру Джами при составлении собственных собраний на староузбекском языке.Перу Джами принадлежит также широко известное прозаическое подражание Гулистану
Са’ди под названием «Весенний сад» (Бахаристан). Стоит упомянуть составленное Джами «Собрание эпистол» (Рисала-и мунша’ат), содержащее переписку поэта с его современниками – членами братства накшбандийа, приближенными Султана Хусайна Байкара, государями сопредельных стран, друзьями и учениками. В предисловии к сборнику автор сообщает, что, не обладая искусством эпистолографа, он все же решился обнародовать свои письма, следуя требованиям времени и обстоятельствам. Приведенный факт служит еще одним подтверждением возросшего интереса общества к сохранению исторически достоверных свидетельств о заметных явлениях культурной и политической жизни.