В целом Джами опирается на основные сюжетные линии коранического предания, которое, тем не менее, выступает в поэме в сокращенном виде: например, полностью отсутствует линия встречи Йусуфа с братьями во время их приездов в Египет за зерном, опущен и эпизод чудесного излечения Йа‘куба от слепоты с помощью рубашки сына, присланной из Египта с братьями. С другой стороны, в Коране после рассказа о достижении Йусуфом вершины власти в ранге соправителя Египта и встрече с братьями о безымянной страдалице, жене
Проходят годы. Муж Зулайхи умирает, она же по-прежнему любит Йусуфа, страдает в разлуке с ним и слепнет от пролитых слез. Оставив свои роскошные палаты и переселившись в убогую хижину, красавица со временем превращается в дряхлую старуху. Йусуф же не стареет, так как ему была дарована часть вечной красоты Адама. И вот однажды Йусуф видит на улице старуху с горящими любовью глазами и узнает в ней Зулайху. Ее верность трогает его, и, проникнувшись жалостью к Зулайхе, Йусуф соглашается взять ее в жены, если она примет единобожие. Зулайха разбивает оземь идолов, которым поклонялась всю жизнь, и становится супругой Йусуфа. Благодаря его молитве происходит чудо: к старой и слепой женщине возвращаются молодость и красота.
Йусуф и Зулайха счастливо живут в браке до кончины Йусуфа. Получив известие о смерти мужа, Зулайха падает без чувств и приходит в себя только через несколько дней, когда его уже похоронили. Страдающая Зулайха умирает на могиле Йусуфа, однако хоронят ее по другую сторону Нила, ибо, даже выдержав все испытания и преобразившись, она не может сохранить единение с Йусуфом.
Героиня Джами проходит путь преображения любовью сродни тому, по которому идет Хусрав у Низами. Зулайха оказывается своеобразным аналогом главного мужского персонажа поэмы Низами и по своей сюжетной роли является притязающей стороной во влюбленной паре. Любовь Зулайхи служит у Джами образцом мистической любви, а женщина, потерявшая себя во всепоглощающем чувстве к Йусуфу, выступает воплощением концепта растворения индивидуальной души мистика в божественной субстанции истинного бытия. Таким образом, поэма Джами представляет собой редкий для иранской суфийской традиции пример персонификации души взыскующего Истины в женском, а не в мужском образе. Любовь Зулайхи под воздействием внутренней красоты, чистоты и благородства Йусуфа постепенно превращается из плотской страсти и одержимости в самоотверженное глубокое чувство. Последующее решение героя жениться на Зулайхе подготовлено самосовершенствованием влюбленной женщины, оказавшейся способной к духовному подвигу.
Разрабатывая сюжет, заимствованный из Священной истории, Джами трансформирует предание в полном соответствии с законами жанра – с каноном любовно-романического эпоса. Автор вводит в повествование те элементы, которые последовательно превращают жизнеописание пророка в историю любви. Так, в версии Джами появляется мотив заочной влюбленности, присутствующий в завязке многих романических поэм на разные сюжеты: героиня троекратно видит Йусуфа во сне. Также троекратно у Низами появляется портрет Хусрава в рассказе о том, как полюбила его Ширин. Использует автор и мотив строительства дворца или украшения покоев, который также нередко встречается в романическом эпосе. Общим местом в повествованиях подобного типа можно считать и мотив сохранения героиней девственности в первом браке, что объясняется в данном случае старческим бессилием
Сюжетный ход, основанный на непременном сохранении женским персонажем невинности, явно отсылает к поэме Гургани «Вис и Рамин», в которой героиня, дважды побывав замужем, волею обстоятельств остается девственной, ибо может принадлежать только истинному возлюбленному Рамину. К этой поэме восходит традиция описания интимной близости героев-влюбленных, в рамках которой сложено описание брачной ночи у Низами в «Хусрав и Ширин» и соответствующий эпизод в поэме Джами. Иносказательно-эротическое описание во всех трех произведениях знаменует торжество индивидуальной любви, в соответствии с кодексом которой целомудренная героиня может подарить свою девственность лишь тому единственному мужчине, который предназначен ей судьбой.