Царь Алексей Михайлович очень скоро оценил опасность происков самозванца, чьи усилия могли спровоцировать выступление на его стороне любого из недружественных России на тот момент европейских государств. Ареста и выдачи Анкудинова русские послы требовали и от Польши, и от Швеции, и от гетмана Хмельницкого, но никто «сына царя Шуйского» арестовать не решился. Шведы, используя самозванца в своих антироссийских интересах, наоборот, дали ему охранную грамоту и приставили к нему охранников. В Стокгольме, несмотря на протесты русского посланника Козлова, Анкудинова принимали лично королева Кристина и канцлер Оксеншерн, через него шведы попытались установить связь с антиправительственными повстанцами в Новгороде и Пскове в 1650 году. Тогда в Москве и было принято первое решение о силовой акции против своего эмигранта, Анкудинова предписывалось попробовать похитить и вывезти в Россию для следствия, а в качестве крайней меры — убить за границей.
В те века это была привычная картина, такие анкудиновы есть в истории почти каждого средневекового государства Европы. Они под именами претендентов на престол своей родины колесили по чужим столицам и искали у чужих дворов поддержку своим заговорам, а иногда и просто выпрашивали под эти проекты денег для личной безбедной жизни в эмиграции. И почти везде соседи-неприятели привечали и поддерживали таких деятелей (хорватский авантюрист Занович, турецкий султан Джем, англичанин Уорбек и др.), используя их в своих кознях против вражеского государства и почти постоянно отказывая в выдаче таких самозванцев их правителям. Вот и английский собрат Анкудинова Перкин Уорбек посетил, выдавая себя за чудом спасшегося от казни в Тауэре сына короля Эдуарда IV, столицы Франции, Шотландии, Ирландии, Португалии и везде находил приют и поддержку своим планам. Английской разведке-дипломатии так и не удалось ни ликвидировать Уорбека за границей, ни добиться его выдачи на родину, он сам ринулся в авантюру с десантом в Англию своих сторонников во время мятежа в Корнуолле, был разбит и казнен в Лондоне. Москва же на своего самозванца Анкудинова все же нашла управу именно оперативными мерами своей тогда еще примитивной разведки, утерев тем самым нос гордым британцам, считающим себя пионерами создания полноценной службы внешней разведки во всем мире.
Поскольку официальным дипломатам дать задание на убийство даже по меркам того времени было рискованно ввиду политических последствий такого шага, к делу и привлекли не связанных дипломатическим политесом русских купцов в Европе. Как следует из архивов, купцы во главе с неким Иваном Тетериным схватили Анкудинова в принадлежавшем тогда Швеции городе Ревеле (ныне эстонский Таллин) прямо на улице, но самозванца отбили его шведские охранники. В страхе перед новым покушением Анкудинов бежал дальше в Европу, работавший на российских дипломатов-разведчиков англичанин Гэбдон обнаружил его в немецком вольном городе Данциге (теперь польский Гданьск), здесь вторично и вновь неудачно русские купцы пытались захватить Анкудинова, тот опять сбежал, на этот раз еще дальше, в голландский Амстердам. Довести до конца похищение купцам так и не удалось, первая силовая антиэмигрантская акция российской разведки закончилась неудачей. Удивляться не приходится, не дело торговых людей кого-то выслеживать по чужим городам и хватать, такие операции не для дилетантов.
Хотя Анкудинову все же не повезло, его арестовали по другому обвинению позднее в немецком городе Нейштадте, посадив в тюрьму местного правителя Голштинии Фридриха. Об этом от своих торговых партнеров из числа германцев узнал русский купец в Голштинии Микляев и сообщил об аресте самозванца письмом в Москву. Тогда еще не было ни Интерпола, ни двухсторонних договоров МВД об экстрадиции преступников, но российскому купцу Микляеву удалось от имени русского царя договориться с голштинским герцогом Фридрихом о выдаче Анкудинова в Россию. Так в 1653 году беглый россиянин был передан голштинцами специально прибывшему из России конвою во главе с дьяком Василием Шпилькой. По дороге в Россию Анкудинов совершил неудачную попытку самоубийства, прыгнув под колеса телеги, но его все же довезли до Москвы, где его ввиду важности его персоны в тогдашних условиях допрашивал лично глава Разбойного приказа Лыков, равный по статусу нынешнему министру внутренних дел.
На допросах Анкудинов вновь объявлял себя сыном царя Василия Шуйского и даже отказался признать свою мать. Учитывая тогдашние методы следствия Разбойного приказа, при всех его злодействах Анкудинова можно признать очень сильным и смелым человеком, он так и умер без раскаяния в самозванстве. Вскоре, так и не добившись признания, Анкудинова четвертовали. При этом к месту казни якобы случайно в то же время привезли шведских и польских послов в Москве, чтобы те увидели и рассказали своим монархам, что на союзного им эмигранта-самозванца можно больше не рассчитывать.