В итоге за всех верховных казнокрадов ответил самый за воровавшийся и утративший осторожность вице-канцлер Шафиров, бывший любимец царя. В 1723 году того арестовала Тайная канцелярия с санкции, понятно, самого императора Петра Алексеевича. При этом привыкший к безнаказанности Шафиров при его аресте в Сенате усугубил свою вину, оскорбив матерно «приказывавшего ему пройти» заместителя Толстого в Тайной Скорнякова-Писарева, применив в духе всех коррупционеров сакраментальный контраргумент: «Да ты сам вор!» На следствие по делу Шафирова царь тоже приезжал, утвердив ему смертный приговор. Когда Шафирова уже заволокли на эшафот и положили на плаху, явился секретарь императора Макаров и зачитал указ о помиловании вице-канцлера. Топор вонзился в плаху рядом с его ухом, и Шафиров, лишенный всех титулов и приговоренный к ссылке, с ватными ногами был вынесен сотрудниками Тайной канцелярии с площади. Такой сценой завершился первый крупный процесс против коррупции в верхах российской власти, расследуемый спецслужбой.
Это одновременно и самый крупный процесс в петровской империи по поводу взяточничества чиновника из самого верхнего эшелона власти. С ним можно сравнить только дело обер-фискала Алексея Нестерова. Человек, которому Петр доверил важнейший и интимнейший для государственной власти вопрос руководства громоздким делом доноса, не пожалевший однажды отдать под следствие родного сына, сам оказался пойман на крупной взятке. В приговоре по его делу записано: «Из взятков и по дружбе много в делах упущений делал, брал посулы деньгами и вещами, в провинциальные фискалы за деньги и лошадей определял недостойных людей».
В отличие от Шафирова обер-фискал Нестеров на эшафоте помилования не дождался, он был казнен жестоким образом — его колесовали, раздробив перед смертью все суставы.
Последние годы жизни Петра I отмечены целой чередой процессов о коррупции с арестом высокопоставленных чиновников империи, сосланный после царской милости вице-канцлер Шафиров, колесованный обер-фискал Нестеров и повешенный сибирский губернатор Гагарин стали только самыми известными обвиняемыми в казнокрадстве в эти годы. Было, например, дело «ревельских воров» 1719 года, когда аресты коррупционеров прошли в стенах Адмиралтейства. Даже с театра военных действий войны со шведами Петр I накануне важнейшего для исхода этой кампании морского сражения при Гангуте регулярно в письмах спрашивал Толстого, как идет это расследование дела по обвинению в злоупотреблении при подрядах на российском флоте. Было и дело по обвинению во взяточничестве российского посла в Польше Григория Долгорукого, специально отозванного для ареста и расследования в Санкт-Петербург, этому дипломату при формально казнокрадском поводе к его преследованию не простили контактов ранее с казненным Кикиным и тайной переписки с ним. Было дело по обвинению поручика Друккерта, подделавшего в корыстных целях печать и подпись Меншикова на финансовых документах. И много антикоррупционных дел меньшего масштаба, вроде «дела о лицах, кравших на Днепре корабельный лес для флота российского».
Отметим, что на следствии по делам чиновников-коррупционеров Тайная канцелярия действовала столь же жестокими методами, стараясь почти из каждого из таких обвиняемых силовыми допросами выбить кроме признания в коррупции еще и доказательства умысла на измену царю. От таких допросов арестованный вице-губернатор Архангельска Курбатов, например, скончался в камере Тайной канцелярии еще до суда. Обвиненный в казнокрадстве вице-губернатор Петербурга Корсаков висел на дыбе, а его обласканный милостью Петра начальник и сам губернатор столицы Меншиков безнаказанно продолжал воровать в гораздо больших размерах, чем его арестованный заместитель. Арестованному по такому же процессу сенатору Опухтину на допросе прижгли язык раскаленным железом, и таких примеров еще множество. Необходимость борьбы с коррупцией и факты действительного казнокрадства большинства из этих обвиняемых не оправдывают ни жестокости Тайной канцелярии при расследовании их дел, ни избирательности ее репрессий, избегавшей трогать царских любимцев и обер-воров империи.
Вести о том, что Петр не брезгует лично спускаться в застенок и вставать к дыбе, катились по России. Известно немало примеров, когда даже в далекой провинции человек, выкрикнувший «Слово и дело!», несмотря на пытки, не открывал сути доноса местному воеводе и требовал отвезти его лично к царю. И многие из таких «изветчиков», что удивительно с сегодняшних позиций, добивались у местной администрации и Тайной канцелярии затем в столице такой аудиенции с царем. Таким образом, например, простой крепостной крестьянин Родион Семенов получил свидание с царем и только лично Петру Алексеевичу рассказал о замысле измены своего господина князя Хилкова. А несколько фанатиков-раскольников использовали этот прием, чтобы получить возможность в итоге в лицу царю выкрикнуть свои обвинения, участь этих решивших яростнее других «пострадать за старую веру» была незавидной.