Естественно, помимо дел по династическим основаниям канцелярия Ушакова занималась и другими делами, требующими ее вмешательства. Например, слежкой за иностранными посланниками в России или делами «изменников Родины». В годы правления Анны Иоанновны служба Ушакова выявила тайные контакты посла Саксонии в России Мориса Линара с племянницей императрицы Анной Леопольдовной, предназначенной царствующей теткой в свои наследницы. По итогам расследования выяснилось, что речь шла не о шпионаже или выведывании ушлым немцем российских государственных секретов, а о банальной любовной интриге Анны и Линара. Об этом доложили императрице, которая вообще любила заслушивать доклады Ушакова по делам его сыска и читать прямо в кабинете принесенные им разыскные дела Тайной канцелярии. В результате громкого дела о шпионаже и международного скандала с Саксонией не получилось, племянницу царица пожурила, Линара быстро попросили покинуть Санкт-Петербург. Поскольку же по нашей традиции наказать кого-то все же требовалось, козлом отпущения сделали дворцового лакея Брылкина, помогавшего влюбленным в их тайных свиданиях и переписке. Его не защищали ни дипломатическая неприкосновенность посла, ни принадлежность к царской семье любвеобильной дамы, несчастного Брылкина помурыжили на допросах в Тайной канцелярии, а затем отправили в ссылку в Казань. Ушаков мог спокойно отчитаться: тайная интрига раскрыта, угроза государственной безопасности устранена, виновные наказаны, все довольны. Знакомая картина осторожных действий политического сыска там, где могут быть задеты интересы персон из верхних эшелонов власти, и при этом же беспощадность к затертым в жернова политического сыска относительно бесправным «простым людям». Увы, это все характерно не только для эпохи Анны Иоанновны и Ушакова.
С теми из россиян, кто подозревался в сношениях с иностранными дипломатами и разведчиками, разбирались также в Тайной канцелярии. Так, в 1734 году лично Ушаков с большой свитой подручных своей Тайной канцелярии ездил в Смоленск с секретной миссией: арестовать смоленского губернатора князя Черкасского за тайные сношения с поляками и пруссаками. Ушаков объявил Черкасскому, что направляется с секретной царской миссией в Польшу, а сам ночью после пирушки в губернаторской резиденции арестовал Черкасского с его приближенными, доставив их в Петербург для допросов в своей канцелярии и суда. На суде доказать измену Черкасского в полном объеме не удалось, и его отправили вместо плахи в сибирскую ссылку.
А вот сибирский губернатор Жолобов был обвинен в измене и казнен после пыток в Тайной канцелярии. Жолобова сгубила критика некоторых начинаний императрицы Анны, о которых в Петербург из Сибири сообщили доносчики, а также близкая дружба с бывшими «верховниками», оспаривавшими в 1730 году безграничность власти царицы в государстве. Жолобов был арестован на своем месте службы в Нерчинске и под конвоем доставлен в застенок Ушакова в Петропавловской крепости. На следствии к нему, как и ко многим другим обвиняемым из высшей российской элиты тех лет (губернатор всей Восточной Сибири в эту элиту, безусловно, входил), в Тайной канцелярии применили оригинальный метод следствия: обвиняя одновременно в замысле государственной измены и в коррупции для личного обогащения. Здесь расчет был верен — в те годы в Российской империи трудно найти министра или губернатора в провинции, не замешанного в коррупции (здесь читатель вправе резонно спросить: а сегодня разве не так?). В итоге такие высокопоставленные обвиняемые в подвалах Тайной канцелярии, отрицая измену императрице, решались признать свои мелкие по сравнению с этим страшным обвинением личные грешки — а этого оказывалось достаточно для вынесения им смертного приговора за казнокрадство, и не нужно было выбивать и доказывать умысел на измену власти. Этот метод придуман именно в годы руководства Тайной Ушаковым, и работал он зачастую наверняка.
Тот же Алексей Жолобов на дыбе твердил: «Воровал, как и все на местах, но императрице не изменял» — надеялся тем спастись, но подписал себе смертный приговор. Не помогла ему и попытка затянуть следствие, оговаривая все новых людей, все это все равно печально закончилось и для Жолобова, и для названных им соучастников. Его вина усугублялась поддержкой «верховников» в 1730 году, когда его еще не тронули, а также тем, что в момент ареста в Нерчинске вспыльчивый восточносибирский губернатор оказал вооруженное сопротивление и ранил двух арестовывавших его офицеров. Жолобов в итоге был казнен, вместе с ним на Сытной площади Санкт-Петербурга (назывемой в народе тогда Обжоркой) отрубили голову нескольким проходившим по тому же делу о «заговоре Жолобова против верховной власти». В их числе был известный тогда в столице музыкант-песенник Егор Столетов, своеобразный народный бард XVIII века, в его песнях тоже углядели политическую крамолу. Именно с ареста Столетова и данных им под пытками в Тайной канцелярии показаний и началось это большое дело Жолобова и