Труднее было смириться с другим: с репутацией беспринципного негодяя, которую полковник — по итогам службы, конспиративной деятельности и поведения на следствии — заслужил среди современников. Репутацию эту уже никак нельзя было исправить. «Если я умру, все кончено, и один лишь Господь будет знать, что я не был таким, каким меня, быть может, представили», — писал он в частном письме следователю Чернышеву. Фразу эту он потом дословно повторит в одном из своих показаний.
30 июня 1826 года Верховный уголовный суд большинством голосов вынес Павлу Пестелю и еще четверым заговорщикам — Кондратию Рылееву, Сергею Муравьеву-Апостолу, Михаилу Бестужеву-Рюмину и Петру Каховскому — смертный приговор. Согласно приговору, «за преступления, сими лицами соделанные, на основании воинского устава (1716 года) артикула 19 казнить их смертию, четвертовать».
5 июля вина Пестеля была конкретизирована. «Главные виды» его преступлений состояли в том, что он, «по собственному его признанию, имел умысел на цареубийство, изыскивал к тому средства, избирал и назначал лица к совершению оного, умышлял на истребление императорской фамилии и с хладнокровием исчислял всех ее членов, на жертву обреченных, и возбуждал к тому других, учреждал и с неограниченною властию управлял Южным тайным обществом, имевшим целию бунт и введение республиканского правления, составлял планы, уставы, конституцию, возбуждал и приуготовлял к бунту, участвовал в умысле отторжения областей от империи и принимал деятельнейшие меры к распространению общества привлечением других».
Давно замечено, что приговор руководителю южан, составленный Михаилом Сперанским — своеобразным «злым гением» семьи Пестелей, — был неадекватно жесток. Конечно, составляя его, Сперанский исполнял «высочайшую» волю. Однако, исполняя эту волю, он проявил немалую изобретательность: в отличие от четырех казненных вместе с ним Пестель не участвовал ни в подготовке, ни в ходе реальных восстаний. По мнению Андрея Розена, «осуждение Пестеля» было «противно правосудию». А Николай Тургенев утверждал, что «правительство» осудило руководителя южан «не потому, что он совершил некое политическое преступление, а потому, что его считали самым влиятельным из тех, кто, по мнению властей, должен был принимать участие в тайных обществах».
При этом ни одно смягчающее вину обстоятельство в тексте приговора не было учтено. Очевидно, императору был нужен «главный изверг», человек, отвечающий за оба восстания, за идеи политических преобразований, за цареубийственные проекты — словом, за все преступления тайных обществ с самого начала их существования. И Пестель, по своей значимости в заговоре, на эту роль годился больше, чем кто-либо другой.
Николай I с четвертованием не согласился. 10 июля генерал Дибич сообщил председателю суда князю Лопухину, что «его величество никак не соизволяет не только на четвертование, яко казнь мучительную, но и на расстреляние, как казнь, одним воинским преступлениям свойственную, ни даже на простое отсечение головы, и, словом, ни на какую казнь, с пролитием крови сопряженную».
11 июля четвертование заменяется повешением.
В полдень 12 июля в комендантском доме Петропавловской крепости приговор был объявлен осужденным. Приговоренные к смертной казни были вызваны первыми, затем настала очередь тех, кто осуждался на каторгу и в ссылку. Николай Лорер впоследствии вспоминал: «Глазам нашим представилось необыкновенное зрелище. Огромный стол, накрытый красным сукном, стоял покоем. В середине его сидели четыре митрополита, а по фасам Государственный совет и генералитет. Кругом всего этого на лавках, стульях амфитеатром — сенаторы в красных мундирах. На пюпитре лежала какая-то огромная книга, при книге стоял чиновник, при чиновнике сам министр юстиции князь Лобанов-Ростовский в андреевской ленте. Все были в полной парадной форме. Нас поставили в шеренгу лицом к ним». Лорер пишет, что заметил среди присутствующих «почтенную седую голову» адмирала Николая Мордвинова. Мордвинов был единственным, кто гласно и в письменной форме протестовал против смертной казни.
Члены Верховного уголовного суда потом рассказывали о том, что при чтении приговора «мало кто из осужденных высказал искреннее раскаяние». Большая часть преступников «показала непоколебимое хладнокровие. Преступление глубоко вкоренилось в их сердцах».
В тот же день, 12 июля, последовал «высочайший приказ о чинах военных», согласно которому полковник Вятского пехотного полка Пестель, в ряду других приговоренных «к разным казням и наказаниям», был «исключен из списков» военнослужащих. От предсмертной исповеди Пестель отказался. И пришедший напутствовать его лютеранский пастор был вынужден «оставить жестокосердного». В отличие от православного священника Мысловского пастор не присутствовал и на самой казни.