Ответственность за учебу пажей и камер-пажей, за их успехи и прилежание лежала на инспекторе классов; эту должность в 1802–1827 годах исполнял полковник Карл Осипович Оде-де-Сион. Еще в 1791 году Оде-де-Сион перешел из прусской службы в русскую и успел до своего появления в корпусе побыть частным учителем в семье знаменитого полководца Александра Суворова. По свидетельству современников, Оде-де-Сион был человеком добрым и веселым и, в отличие от многих своих коллег-воспитателей, пользовался среди пажей любовью и уважением. Инспектору классов подчинялись также учителя и библиотека корпуса.
Офицеры-гувернеры, гофмейстер и инспектор классов были подчинены директору корпуса, человеку, непосредственно отвечающему за обучение и воспитание пажей. Директором в годы учебы в корпусе братьев Пестелей был генерал-майор Иван Гогель. Директор же, в свою очередь, подчинялся «главноначальствующему» — в 1810-х годах Федору Клингеру, отвечавшему не только за Пажеский, но и за два кадетских корпуса.
Фридрих Максимилиан (а в России — Федор Иванович) Клингер (1752–1831) был известным немецким писателем, другом Гёте. Сын солдата и прачки, еще в молодости он стал знаменит; его драма «Sturm und Drang» («Буря и натиск») дала название целому периоду в истории немецкой литературы. Он много путешествовал по свету и в 1780 году прибыл в Россию в свите немецкой принцессы Софьи Доротеи Вюртембергской, внучки прусского короля Фридриха II. Выйдя замуж за наследника российского престола цесаревича Павла Петровича, Софья Доротея стала великой княгиней Марией Федоровной — и Клингер, ее доверенное лицо, навсегда остался вместе с ней в России. Когда-то, в годы юности, начинающий писатель мечтал о социальной справедливости и всеобщем человеческом братстве. В России эти мечты были оставлены, он остепенился, стал личным чтецом наследника Павла и его жены. Затем Клингер перешел в военную службу — и на него, в знак особой доверенности, была возложена обязанность воспитывать пажей и кадетов, будущих российских офицеров. Учившийся в одном из кадетских корпусов декабрист Андрей Розен вспоминал: Клингер был «угрюмый в общении, скупой на слова, медленный в походке, почему прозвали его белым медведем». Клингера воспитанники не любили и боялись. В начале XIX века между «главноначальствующим» и императором стоял министр просвещения князь Голицын, в прошлом тоже выпускник Пажеского корпуса.
Строгая военизированность и иерархичность управления корпусом казались весьма уместными в эпоху Александра I. Выпускники этого учебного заведения считались главным гвардейским резервом страны: оканчивая корпус, они становились гвардейскими офицерами. И этим они отличались от, например, выпускников кадетских корпусов, выпускавшихся, как правило, в армию и не всегда офицерами.
Пажеский корпус с середины XVIII века находился под сильным влиянием масонов. Масоны унаследовали это влияние у рыцарей Мальтийского ордена — того самого, Великим магистром которого был сам император Павел I. В 1810 году корпус переехал в Воронцовский дворец в Петербурге — здание, в котором при Павле располагался капитул ордена. И хотя к моменту переезда пажей во дворец капитула там уже не было, мальтийские рыцари стали с этих пор считаться основателями и покровителями корпуса, а сами пажи — «чистым продуктом рыцарства». Масоны же, вслед за мальтийскими рыцарями, имели неплохую возможность воздействовать на умы и души воспитанников.
Под покровительством масонов находились построенные архитектором Кваренги на деньги мальтийских рыцарей два корпусных храма — православный и католический; оба содержались на масонские пожертвования. В католическом храме Святого Иоанна Иерусалимского, в просторечии Мальтийской капелле, хранились рыцарские реликвии, в том числе «ризы, принадлежащие Мальтийскому ордену». Плафон этого храма был украшен «белым мальтийским крестом на красном фоне». Небольшой эмалированный мальтийский крестик, белый на красном фоне, вручался каждому выпускнику корпуса — как символ их принадлежности к одной касте. Такой же крестик «у левого плеча на черном банте» носила и покровительствовавшая корпусу императрица Мария Федоровна, вдова императора Павла I.
Естественно, что традиции корпуса сильно влияли на формирование сознания пажей и камер-пажей.
Очень многие выпускники Пажеского корпуса конца XVIII — начала XIX века добились высоких государственных постов. Из стен корпуса вышли известные военные и гражданские деятели России: петербургский генерал-губернатор, 13 июля 1826 года руководивший процедурой казни декабристов, Павел Голенищев-Кутузов (выпуск 1794 года), фельдмаршал Иван Паскевич (выпуск 1800 года), известный разведчик, следователь по делу декабристов, а впоследствии военный министр Александр Чернышев (выпуск 1802 года) и многие другие.