Членом Союза благоденствия Алексей Юшневский стал во второй половине 1819 года — практически одновременно с назначением на должность генерал-интенданта 2-й армии. Звезда Юшневского-заговорщика взошла в 1821 году. Своим исключительным авторитетом второго человека в армии он поддержал образование Южного общества, не согласившись с роспуском тайной организации на московском съезде. И вполне логичным в контексте предшествующих событий оказалось избрание Юшневского — вместе с Пестелем — директором, руководителем Южного общества. Обоим членам Директории была вручена «полная власть над членами».
За годы чиновничьей службы Юшневский приобрел те качества, которых не было в Пестеле: крайнюю осторожность и разборчивость в средствах для достижения цели, нежелание идти на неоправданный риск, умение разбираться в людях. Единомышленники запомнили его как «добродетельнейшего республиканца», «стоика во всем смысле слова», никогда не изменявшего «своих мнений, убеждений, призвания», «умом и сердцем» любившего свое отечество. «Ровность его характера была изумительная», — вспоминал о нем один из его знакомых. Анализируя деятельность Юшневского, историки отмечали его «спокойный разум осторожного политика». В Директории Пестель и Юшневский прекрасно дополняли друг друга.
Статус обоих южных директоров был равным, равными были и их полномочия. Как установило следствие, полномочия эти состояли «в надзоре за исполнением установленных обществом правил, в сохранении связи между членами и управами, в назначении председателей по управам, в принятии членов в бояре и в присоединении к Директории новых членов или председателей». При этом отношения южных директоров строились на взаимном доверии. Пестель и Юшневский договорились «действовать в случаях не терпящих отлагательства именем Директории без предварительного между собою сношения, в полной уверенности, что другой член подтвердит его действие». Все годы существования заговора они были единомышленниками и верными соратниками. Вообще, согласно справке, составленной по итогам следствия над Юшневским, он «разделял все злодейские замыслы общества, знал о всех преступных его сношениях, действиях и связях и как начальник сего общества одобрял оные».
Юшневский полностью одобрял «Русскую Правду» с ее идеей республики и диктатуры, был активным сторонником цареубийства. Более того, он помогал Пестелю в работе над «Русской Правдой», редактируя программный документ Южного общества. Этот документ вполне отвечал политическим воззрениям Юшневского — отмена крепостного права декларировалась в нем в качестве неотложной меры.
Правда, Юшневский не был теоретиком заговора. В отличие от Пестеля он не стремился стать в случае победы заговорщиков военным диктатором. Пестель видел его на должности министра финансов в новом правительстве. Вообще он казался многим декабристам как на юге, так и в Петербурге фигурой чисто декоративной, важной Пестелю лишь по тому уважению, которым он пользовался во 2-й армии как генерал-интендант.
Собственно, в тайном обществе Юшневский действительно играл вторую роль; ни о каких самостоятельных, не согласованных с Пестелем его инициативах историкам не известно. Более того, за все время пребывания в тайном обществе он принял в заговор только лишь одного нового члена. Даже его младшего брата Семена, чиновника канцелярии главнокомандующего Витгенштейна, в тайное общество принял Пестель — без ведома генерал-интенданта. При этом, согласно показаниям самого Семена Юшневского, генерал-интендант, узнав о его вступлении в заговор, не попытался противостоять Пестелю, не удержал брата «от необдуманного и пагубного шага». Вообще до конца 1825 года Юшневский ни разу не позволил себе публично не согласиться с какой-либо инициативой Пестеля — по крайней мере, сведений об этом не сохранилось.
Но в деле реальной подготовки революции Юшневский был фигурой ключевой и знаковой. Очевидно, что именно этим он и был интересен Пестелю. Без Юшневского все планы непосредственного вооруженного выступления оказывались пустыми разговорами.
Казалось бы, в связи с назначением Юшневского генерал-интендантом перед заговорщиками открывались головокружительные финансовые возможности. Юшневский, получивший право распоряжаться деньгами армейского бюджета, мог, подобно своим предшественникам, понимать это право «расширительно». И тратить казенные деньги на нужды заговора.
Подтверждение этому найти нетрудно: в 1828 году, через два года после ареста и осуждения, на Юшневского был наложен огромный начет по интендантству — больше 300 тысяч рублей; эти деньги предстояло выплачивать родственникам осужденного. Но в 1839 году начет на Юшневского был снят и бывший интендант оказался совершенно оправданным в служебных преступлениях. «Первое чувство, произведенное во мне известием о разрешении от начета, было — удивление. В положении моем я считал это несбыточным. Благоговею перед правосудием, оправдавшим беззащитного!» — писал сам Алексей Юшневский оставшемуся на свободе брату Семену.