Все это как военный инженер видел и понимал Кондратенко. И он взял в свои руки инициативу в деле завершения запроектированных укреплений и постройки новых. Но для этого требовалось прежде всего время. Необходимо было остановить наступающего врага в Зеленых горах. Роман Исидорович добился того, чтобы Стессель разрешил сделать это.
Кондратенко вставал на пути отступающих частей и снова обращал их к оставленным позициям — в бой, становясь в первые ряды контратакующих. Здесь, на горных перевалах и вершинах («сопках Маньчжурии»), Кондратенко стал общепризнанным вождем и душой обороны Порт-Артура, завоевал уважение и любовь солдат. Современник вспоминал: «Своей душевной чистотой и бескорыстным служением общему делу он будил в сердцах своих подчиненных те благородные струны, которые двигают людей на великие дела. Недавние беглецы с позиций, покинутые и плохо руководимые, теперь с железным упорством отстаивали каждую пядь земли, вызывая невольное уважение своих врагов».
В конце июля войска отошли на линию уже готовых фортов, укреплений, редутов, батарей. Кондратенко был назначен начальником сухопутной обороны крепости, гарнизон которой насчитывал 41 780 человек.
Для осады и скорого взятия Порт-Артура японцы выделили особую (3-ю) армию под командованием генерала Ноги, доведя ее численность до 200 тыс. человек. Были доставлены к осадной армии 11-дюймовые крупповские мортиры, способные пробить и бетонные своды фортов.
Утром 6 августа Ноги собрал корреспондентов иностранных газет и поздравил их с тем, что они «прибыли удачно, как раз к моменту, когда можно видеть завершение победоносной кампании». А около 2 часов дня начался штурм крепости на ее центральном участке. Туда немедля прибыл Кондратенко. На укрепления и город обрушился град снарядов, а затем двинулись колонны японцев. Несколько дней продолжались непрерывные атаки по всей линии обороны. Японцы потеряли около 20 тыс. человек, но «завершение победоносной компании» им так и не удалось продемонстрировать.
В сентябре, октябре и ноябре штурмы повторились.
Во время ноябрьского штурма Ноги решил попытать счастья на западном участке фронта — против Высокой горы, — бросив на нее в атаку все, что было в его распоряжении. Английский корреспондент Бартлет писал об этом: «Борьба, происходившая в течение десяти дней на склонах Высокой горы, по проявленному противником упорству и отваге может смело стать наряду с самыми выдающимися образцами человеческого героизма. Японцы и русские дрались с такою храбростью и отчаянием, которые превосходили все, что можно было наблюдать до сих пор во время осады. Борцы буквально бросались друг на друга, оставаясь совершенно равнодушными к смерти, каждый стремился достичь гребня высоты или же умереть на ее склонах…Слава принадлежит в равной мере как японцам, так и русским; если же конечный успех увенчал усилия японцев, то лишь потому, что их артиллерия делала из русских укреплений кашу и что у них всегда имелись наготове свежие войска, чтобы бросить их в атаку через развалины укреплений».
Перед занявшими Высокую гору японцами открылась вся гавань со стоящими в ней на якоре военными судами. Теперь японцы могли начать расстрел русской Тихоокеанской эскадры. Они стремились как можно скорее разделаться с Порт-Артуром, чтобы освободить армию Ноги для военных операций в Маньчжурии, а флот адмирала Того для встречи с подходящей эскадрой адмирала Рожественского.
Роман Исидорович понимал значение времени при сложившемся раскладе сил в этой войне. Порт-Артур с теми запасами, что в нем были, можно было оборонять еще 2–3 месяца. Они могли быть решающими, и Кондратенко требовал отстаивать последние сухопутные укрепления крепости, к которым теперь присоединились и стоящие на якоре корабли, до последней возможности…
2 декабря Кондратенко неожиданно посетил форт № 2. Солдаты громко приветствовали его. Это, наверное, услышали японцы. Начался обстрел форта из 11-дюймовых мортир. Один из снарядов попал в пробитый еще накануне свод каземата и разорвался там, где находились Роман Исидорович и те, кому он вручал Георгиевские кресты… Впечатление, произведенное смертью генерала Кондратенко на сражающийся гарнизон крепости, было потрясающим.
На следующий день начальником сухопутной обороны крепости был назначен генерал Фок. А еще через несколько дней (16 декабря) генерал-адъютант Стессель сдал Порт-Артур со всеми его запасами и снаряжением неприятелю.
По этому поводу Джемс, военный корреспондент при армии Ноги писал: «Выяснилось, что Стессель решил сдаться еще в августе, но не мог этого сделать при Кондратенко — твердом защитнике Порт-Артура. Будь он жив, сдача Порт-Артура не состоялась бы». Наверное, на такое решение Стесселя подвигли обстоятельства не только военного характера.