Одновременно с крепостью, согласно фольклорной традиции, царь закладывает Петропавловский собор и крепостные ворота. При закладке собора царь опять же под шум крыльев парящего орла, «взяв у солдата багинет и вырезав два дерна, положил дерн на дерн крестообразно и, сделав крест из дерева и водружая в реченные дерны, изволил говорить: “Во имя Иисус Христово на сем месте будет церковь во имя верховных апостолов Петра и Павла”». Затем «царское величество, отошед к протоку, который течение имеет меж Санктпетербургом и кронверком, по отслужении литии и окроплении того места святою водою, изволил обложить другой роскат. Тогда была вторишная пушечная пальба, и между теми двумя роскатами изволил размерить, где быть воротам, велел пробить в землю две дыры и, вырубив две берёзы тонкие, но длинныя, и вершины тех берёз свертев, а конца поставлял в пробитые дыры в землю на подобие ворот. И когда первую берёзу в землю утвердил, а другую поставлял, тогда орёл, опустясь от высоты, сел на оных воротах». Говорят, этот орёл был ручным и долго жил, по одним сведениям, на Петербургской стороне, по другим – на острове Котлин, в Александровой крепости, на гауптвахте. И имел этот необыкновенный орёл, рассказывают, комендантское звание.
Закладка «самой первоначальнейшей» деревянной соборной церкви во имя Святых Петра и Павла произошла в праздник Святой Троицы, одновременно с закладкой Петропавловской крепости. Согласно одному преданию, при закладке собора Пётр зарыл в его основание золотой ковчег с частицей мощей апостола Андрея Первозванного. Только в 1712 году на месте деревянного начали возводить каменное здание собора по проекту первого архитектора Петербурга Доменико Трезини. Его строительство закончили уже после смерти основателя Петербурга, в 1733 году.
Главным украшением собора является его многоярусная колокольня с высоким шпилем. По семейной легенде современных потомков первого архитектора Петербурга, Трезини будто бы придал колокольне контуры, весьма схожие с фигурой Петра Великого, как бы создав ему тем самым своеобразный памятник. Первоначальная конструкция шпиля – деревянная, только в 1857–1858 годах по проекту инженера Д. И. Журавского её сделали металлической. При этом общая высота собора вместе с Ангелом достигла 122,5 метра. Эта «половина» до сих пор не дает покоя любителям точных цифр, ставшим героями питерских анекдотов. «А вчера экскурсовод говорил, что высота собора 123 метра», – недоумевают туристы. «У меня данные зимние, а у него летние», – успокаивают экскурсоводы.
Петропавловский собор стал самым высоким архитектурным сооружением Петербурга. Этот статус сохраняется за ним до сих пор. Шпиль собора венчает фигура Ангела – «Летающего ангела», или «Летящей девы», как называют его иногда в Петербурге, памятуя о бесполом характере небесного воинства. Ангел изготовлен только при Екатерине II по рисунку архитектора Антонио Ринальди, хотя, если верить легендам, он парил над городом ещё при Петре I. Одна легенда даже утверждает, что «нечестивый» и практичный Пётр заставил его вертеться, совмещая одновременно две функции – декоративную и метеорологическую. Будто бы уже тогда Ангел стал флюгером. На самом деле вращающимся его сделали гораздо позже, после того как, закреплённый неподвижно, он несколько раз сгибался под напором ураганных ветров. Высота Ангела – 3,2 метра, а размах крыльев составляет 3,8 метра. Петербуржцы любят сдабривать рассказы о Петропавловском соборе таким анекдотом. На экскурсии в Петропавловской крепости: «Скажите, какого размера Ангел на шпиле собора?». – «В натуральную величину». Так или иначе, но в городе бытует легенда о том, что если в Петербурге построят что-нибудь выше Ангела Петропавловского собора, то ангелы перестанут охранять город и им овладеют злые силы.
Кто знает, может быть, это и правда. В городской петербургской мифологии Ангел Петропавловского собора давно уже приобрел статус символа города. И если, по одной из легенд, поднятая к небу пустая рука Ангела ждёт ту самую трубу, которая возвестит свету его конец, то по другой – она сжимает незримый меч, который отражает от города нечистую силу.
В 1930-х годах в чиновничьих кабинетах не то Кремля, не то Смольного возник грандиозный проект замены Ангела на шпиле Петропавловского собора скульптурой вождя всех народов Сталина. Этот чудовищный план всерьёз обсуждался в партийных кругах Ленинграда, и, казалось, ничто не могло помешать его скорой реализации. Художественная общественность Ленинграда оказалась в панике. Не знали, что делать. Согласно городскому преданию, выход нашёл директор Эрмитажа академик Иосиф Абгарович Орбели: «Помилуйте, товарищи, – будто бы сказал он на одном из высоких совещаний в Смольном, – Петропавловский шпиль отражается в Неве, и что же, вы хотите, чтобы товарищ Сталин оказался вниз головой?».