С 1812-го по 1818 год институт функционировал как частное заведение. Его деятельность стала возможной только благодаря бесплатному преподаванию в нем учителей из других учебных заведений города Харькова. Но дальнейшее существование института на таких условиях становилось все более затруднительным. Возникла мысль обратиться за помощью к дворянству всех малороссийских губерний, чтобы на базе Харьковского института создать Малороссийский девичий институт. Эта идея так и не осуществилась, а проблему материального обеспечения заведения решили другим путем. В 1818 году благодаря заботам Г. Квитки Харьковский институт был принят под покровительство императрицы Марии Федоровны. Это существенно улучшило его положение, ведь из ведомства учреждений императрицы Марии Федоровны стали ежегодно поступать три тысячи рублей. Обнаружили интерес к заведению и частные лица. Существенный вклад в развитие института внес и ректор Харьковского университета П. Гулак-Артемовский.
Содержание образования было определено в уставе института. В нем преподавались: закон Божий (православного, римско-католического и лютеранского вероисповедания), русский язык и словесность, история (русская и всемирная), география (отечественная и общая), арифметика и основы геометрии, физика (общие основы), естественнонаучная история, французский, немецкий, польский языки, рисование и каллиграфия. Главной целью женского образования считалось повышение нравственности и приобретение знаний не столько научных, сколько общих, «энциклопедических», полезных в быту. Именно поэтому большое внимание уделялось преподаванию иностранных языков, девушки обучались музыке, танцам, светским манерам, рукоделию. Музыка, танцы и иностранные языки были необязательными и преподавались за отдельную плату. Институт предназначался для девушек из бедных семей, которым вряд ли придется бывать в высшем обществе, поэтому характер обучения и воспитания должен быть чисто практическим; это и обусловило необязательность изучения иностранных языков, в отличие от программы Смольного института.
Довольно своеобразными были и правила поступления в институт. Да, для поступления, помимо заявления, нужно было предоставить также и справки о происхождении (принимались только дворянки) и о состоянии здоровья. Девушки с физическими недостатками в институт не принимались. Приказ о зачислении в институт подписывала лично императрица.
В 1818 году, когда институт перешел под опеку императрицы Марии Федоровны, был принят новый устав, в соответствии с которым срок обучения составлял шесть лет. Увеличилось количество учебных предметов, в частности благодаря включению в их число иностранных языков – французского и немецкого. Все предметы были разделены на три класса, каждый по два года. Воспитанницы делились на штатных (их было 20), находящихся на полном содержании института; пансионерок, которые платили в пользу института установленную сумму – 655 рублей ассигнациями; полупансионерок, которые получали от института только учебу (без пансиона).
Образ жизни девушек в институте был довольно стандартным – занятия чередовались с приемом пищи, отдыхом и молитвами. Согласно уставу, среди воспитанниц избиралась дежурная, которая следила за порядком не только в классе, но и на кухне, о чем отчитывалась начальнице. Устав запрещал родным забирать девушек домой до окончания срока обучения. Свидание разрешались в выходные и праздники и только в присутствии воспитательницы. Такой порядок сохранялся во всех институтах до второй половины XIX века, до того времени, когда начали создаваться всесословные открытые учебные заведения для женщин. Кроме девушек, которые обучались на полном пансионе, в институт имели право приходить и полупансионерки и девушки-вольнослушательницы. Несмотря на то, что институты благородных девиц были закрытыми заведениями, допуск учениц-вольнослушательниц был новшеством, которое ввел именно Харьковский институт.
Институт давал девушкам не только необходимое образование и воспитание, но и занимался их судьбой. Например, один из пунктов устава предусматривал рассмотрение просьб от желающих жениться на той или иной воспитаннице, если у нее нет родных. В этом случае девушка получала материальную помощь. Такие дела рассматривал комитет института, который также помогал выпускницам в вопросе трудоустройства. Практически с первых лет существования учебного заведения начала распространяться практика оставлять способных выпускниц в институте как помощниц воспитательниц и учительниц. В 1816 году возник даже конфликт, когда 15-летнюю выпускницу оставили служить помощницей надзирательницы с назначенным жалованьем в размере 150 рублей. Мария Ружицкая была из числа первых выпускниц института, которая осталась в нем работать. Конечно, юной девушке довольно непросто было трудиться на такой должности, рядом со своими почти сверстницами в качестве подопечных. Но с этим фактом пришлось смириться из-за нехватки в Харьковской губернии образованных женщин.