В институте была хорошо налажена система контроля за учебной деятельностью воспитанниц. Экзамены проводились не только в конце каждого года, но и ежемесячно. Итоговые экзамены были в конце июня, они проводились публично. В августе на собрании коллектива института отмечались и награждались лучшие ученицы.
Одним из самых болезненных вопросов в работе Института благородных девиц, как и всех учебных заведений того времени, было обеспечение их квалифицированными педагогическими кадрами. В этом плане Харьковский институт благородных девиц был в гораздо более выгодном положении. По уставу от 1818 года все служащие Харьковского института носили мундир и получали предусмотренные для государственных служащих законом права и материальное обеспечение. Для преподавания наук и искусств совет института совместно с инспектором классов привлекали наставников, «которых только было можно в Харькове отыскать». Благодаря существованию в Харькове университета, коллегиума и гимназии преподавателями институт был обеспечен всегда; многие из преподавателей изъявили желание преподавать «по скудности средств» без какой-либо оплаты, за что совет института был им безмерно благодарен.
Основную часть учителей составляли профессора Харьковского университета, которые преподавали без жалованья, учителя мужских гимназий, а также студенты университета. Занятия в Харьковском институте вели профессора П. Гулак-Артемовский (первый преподаватель французского языка), С. Дочевский-Александрович, Т. Степаков, В. Цих, М. Клобуцкий, В. Лапшин и др.
Как и все прочие женские учебные заведения того времени, Харьковский институт испытывал материальные трудности. Особенно остро ощущалась нехватка денег в 1812–1813 гг., то есть в самом начале основания института. Так, сумма содержания всего учебного заведения в этот период составляла всего 14 104 руб. Начальница работала бесплатно, на оплату труда ее помощниц, приобретение книг, письменных принадлежностей выделялось 3750 руб., на содержание двадцати воспитанниц – 2881 руб., на приобретение одежды и вещей первой необходимости – 986 руб., на содержание институтского помещения – 5960 руб. Поэтому для сбора средств проводились различные аукционы, на которых продавались изделия воспитанниц. Например, в 1816 году благодаря таким благотворительным мероприятиям было получено 1720 руб. После получения институтом статуса государственного ситуация несколько изменилась. Если раньше основным источником дохода была плата девушек за обучение (с 1812-го по 1816 год – 250 руб., в 1817 г. – 300 руб., с 1817-го по 1821 год – 500 руб., с 1821 г. – 655 руб.), то теперь государство тоже начало выплачивать вспомогательные суммы. Так, за период с 1827-го по 1830 год институт получил от государства почти 20 000 руб. Частные лица также охотно вносили пожертвования на содержание учебного заведения. Среди них были А. Квитка – 10 000 руб., граф Каменский – 5000 руб. Но самым крупным среди взносов было пожертвование от известного на всю страну благодетеля и мецената П. Демидова (20 000 руб.). Институт даже получил разрешение приобрести за счет благотворительных взносов новое здание стоимостью 30 500 руб. Стали активно закупать новые учебники и учебные пособия, наглядные материалы, что стало залогом качества образования. Эти положительные изменения способствовали тому, что с каждым годом количество желающих поступить в институт увеличивалось. Поэтому в 40-х гг. XIX века набор резко возрос (почти в десять раз) и, как следствие, плата за обучение увеличилась (с 655 до 850 руб.). Авторитет Харьковского института благородных девиц возрастал, выпускницы высоко ценились не только на территории Украины, но и по всей империи. В связи с этим государство увеличило финансирование института почти втрое по сравнению с первыми годами его существования.
Институт довольно часто посещали коронованные особы и известные общественные деятели, среди них Александр I, Николай I, императрица Александра Николаевна, Александр II, поэт В. Жуковский и другие. Все они были очень довольны устройством институтской жизни, уровнем подготовки воспитанниц. Как уже отмечалось, это способствовало улучшению материальной базы учебного заведения и его финансирования. Так, в 1830 году по приказу Николая I институт стал получать 6000 руб. ежегодно. Но такое пристальное внимание со стороны императора имело и свои недостатки: постоянный надзор за жизнью института полностью ликвидировал возможность любых нововведений. И как следствие этого – стабильная неизменность правил и программ института до 1855 года.
За 100 лет существования института состоялось 72 выпуска, его окончили 2129 воспитанниц.