Нет сомнений, что, осуществляя церковную реформу, Петр исходил из положений протестантизма, ставившего государя во главу церкви. Это было неизбежно, учитывая его симпатии к протестантскому образу мышления, его любовь к Голландии и Англии, его имманентный авторитаризм. В итоге в России ликвидация патриаршества сопровождалась установлением коллегиальной формы управления духовными делами, а государь был объявлен главой Русской православной церкви. В этом стоит искать не ересь, а продолжение традиций Московского царства. Главенство государства над церковью существовало всегда. С давних пор на Руси назначение епископов не было внутренним делом церкви, а являлось функцией самодержца, выраженной в форме согласия государя на назначение кандидата, которого церковь рекомендовала на вакантную кафедру. Никогда не было ни равенства, ни настоящего согласия (как тогда говорили, симфонии) светской и церковной власти. Трудно припомнить, чтобы государь в своих делах советовался с патриархом (правление патриарха Филарета при сыне Михаиле Федоровиче не в счет) или чтобы патриарх просил царя проявить милосердие к павшим. Если бы он и обратился с такой просьбой, то, согласно одной из легенд, царь довольно грубо выгнал бы его из камеры пыток, указав при этом верховному иерарху его место на земле. Когда светской власти было что-то нужно, она, не стесняясь, диктовала свою волю церковникам. Сами патриархи попадали на свой трон исключительно с одобрения государя и в дальнейшем во всем зависели от него. В конечном счете ожесточенный спор иосифлян и нестяжателей закончился победой первых, а значит, победой светской власти, дающей церкви все: земли, крестьян, деньги, тарханные грамоты, освобождавшие церковные владения от налогов и повинностей. Ну а кто же кусает руку кормящего? Что ж, дальнейший результат известен. Как писал Бродский, "с государством щей не сваришь. // Если сваришь — отберет".
Петр, в сущности, ничего особенно не подавлял — изначально, в X веке, православная вера была выбрана Владимиром Красное Солнышко не за ее обрядную красоту и благолепие, как сказано в летописи, а за покорность ее служителей византийскому басилевсу, за готовность служить светскому правителю, да еще на понятном толпе туземном языке. Так было до Петра, так стало после него, так есть и сейчас. Когда во второй половине XVII века разгорелась борьба сторонников новой "никонианской" веры с верой старой, будущий патриарх Иоаким выразился более чем откровенно: "Не знаю [ни] старые веры, ни новые, но что велят начальницы, то и готов творити и слушать их во всем".
Реформируя церковь, Петр пошел своим путем, ведущим к установлению в обществе регулярности и целесообразности. Как и во многих других делах, он считал своей обязанностью перед Богом и людьми реформировать церковное устройство, или, как тогда выражались, "духовный чин". Важно, что Петр представлял церковную реформу как богоугодное дело богобоязненного монарха, озабоченного исключительно исполнением своего христианского долга: "Между многими, — читаем мы в указе 1721 года, — по долгу богоданными нам власти попеченьями о исправлении народа нашего ‹…› посмотря и на духовный чин и видя в нем много нестроения и великую в делах скудость, несуетный на совести нашей возымели страх: да не явимся неблагодарны Вышнему, аще толикая от него получив благопоспешества во исправлении как воинского, так и гражданского чина, пренебрежем исправление и чина духовного. И когда нелицемерный Он, Судия, вопросит от нас ответа о толиком нам от Него врученном приставлении, да не будем безответни". Нельзя положа руку на сердце не сказать, что кроме присущего Петру мессианства тут было известное лукавство и демагогия.