Причины реформирования церкви Петру были очевидны. Во-первых, среди политических противников Петра было немало церковников, не хотевших, чтобы представитель худородных Нарышкиных сидел на троне. Его поведение, привязанность к Немецкой слободе и всему иностранному убеждали их в "негодности царишки". Для Петра же люди в рясах оставались частью той "старины", которую он ненавидел. Отношение к ним видно в указе Петра 1698 года: певчим запрещалось появляться в Новодевичьем монастыре, где сидела царевна Софья. Тяжелым гневом дышит этот указ: "Певчих в монастырь не пускать, поют и тамошние старицы хорошо, лишь бы вера была, а не так, что в церкви поют "Спаси от бед", а на паперти деньги на убийство дают". Не случайно он приблизил к себе священнослужителей из киево-могилянского круга, которые были и образованнее отечественных святителей, и принадлежали к другому, хотя и православному миру, не связанному с московской "стариной". Да и потом он не церемонился со своими реальными и мнимыми врагами в рясе. Монашество, клобук, епископский посох, преклонные годы и общепризнанная святость не спасали людей церкви от дыбы и тюрьмы. Тут были и серьезные подозрения церковников в государственных преступлениях, но встречались и обвинения в пренебрежении правилами и законами светского государства. В сыскные органы попадали священники и архимандриты, которые (случайно или нет) ошибались в имени государя при возглашениях, забывали в службе помянуть Синод, не служили в установленные государством "календарные дни", запаздывали с присягой, возмущались ликвидацией патриаршества. Петру казалось, что для строгостей есть все основания. И дело царевича Алексея в 1718 году это подтвердило: его окружение было "пропитано ладаном", густым церковным духом, а среди ближайших сподвижников Алексея нашлось немало церковников, которые, как стало известно царю на следствии, мечтали о приходе царевича к власти и восстановлении старины.
Во-вторых, Петр включил церковь в новую систему общества как важную ее часть. Церковь должна была не только молиться о благе России, кадить и окроплять знамена новых полков, но и служить органом просвещения, образования, культуры. В 1700 году при посещении патриарха Адриана Петр произнес речь о пользе учения и наук и необходимости объединить их с верой, ибо "вера без дела, а дело без правыя веры мертво есть обоя". Это было сказано молодым царем не случайно. Петр верил, что у церкви есть особая вполне прагматическая миссия — нести свет Божественного учения, нравственности и культуры в народ. Нужно согласиться со знатоком допетровской Руси А. М. Панченко, писавшим: причина церковной реформы — нецивилизованность церкви, "именно церковь в глазах Петра была виновата в том, что за семь веков, протекших со времен Святого Владимира, на Руси отсутствовало правильное образование. Духовное сословие Петр хотел превратить в ученое сословие". Мысль Петра была проста: учась грамоте по специально составленным духовным текстам, люди могли освоить и грамоту, и одновременно проникнуться заложенными в этих текстах вечными истинами. Именно просветительскую миссию церкви Петр ставил выше всего.
Не буду скрывать, что он стремился сделать церковь рупором своей политики. Это естественно вытекало из непременного участия ее в повседневной и особенно праздничной жизни общества. С церковного амвона привычно звучало чтение царских указов и манифестов, а уж если победа, "шум и клики на Неве", то без торжественного богослужения, колокольного звона (может быть, уж не семидневного, как во время празднования Ништадтского мира в 1721 году) никак нельзя было обойтись: чай, мы — люди православные!
Словом, петровская церковная политика при всей ее жесткости, следовании зачастую сиюминутным политическим целям все же была по преимуществу культурообразующей. Мечта Петра о возвышении России, укреплении ее могущества зиждилась не только на вере в мощь флота и армии, но и на идеях распространения в стране культуры, грамотности, образования, современных технологий и мастерства. Христианские народы Европы, как было сказано раньше, являлись образцом для Петра. Он стремился доказать им, что и мы, русские, такие же цивилизованные люди, как и они. По мысли Петра, истинный сын Отечества — это образованный, воспитанный, занятый полезным делом подданный, одновременно законопослушный, верноподданный и непременно верующий человек. Для царя нравственность могла быть только христианской, православной. Более того, он был убежден, что она тождественна регулярности, вводимой им во всех сферах русской жизни. Военные должны были знать основы веры так же, как воинский устав. Петр полностью разделял мысль шведского короля Густава II Адольфа о том, что армия — школа христианской нравственности, что дикая природа человека исправляется только двумя началами — дисциплиной и верой.