После всего сказанного неудивительно, почему у Петра так чесались руки преобразовать Русскую православную церковь. В цитированном ранее указе он писал, что взялся за реформу, "посмотря и на духовный чин и видя в нем много нестроения и великую в делах скудость". Обратите внимание, что с присущим ему жаром он ухватился за две проблемы: "нестроения", то есть плохую организацию, и "великую в делах скудость", то есть, по-современному говоря, неэффективность, что применительно к церкви выглядит, конечно, экзотично. Решая первую, он преобразовал всю систему управления, ранее ориентированную на власть патриарха, заменив ее Синодом — коллегией, подобной тем коллегиям, которые были созданы ранее. Петр смотрел на церковь не как на Богом созданный институт, а как на человеческую организацию. И в этом смысле "княжеская" система церковного управления выглядела архаично в стройном ряду коллегий. Это все равно что представить собор Василия Блаженного Бармы и Постника вмонтированным в здание Двенадцати коллегий Д. Трезини. Тут Вы бы, наверно, сказали: "Вот так и была создана контора по делам церкви. С этого и начался мрачный "синодальный период" в истории церкви!" Но поймите, коллегиальная система, построенная на принципах камерализма, по тем временам была самой передовой и эффективной. В том, что церковь превратилась впоследствии в "контору" со всеми присущими этому понятию несимпатичными коннотациями, Петр не виноват. Ведь конгрессы и коллегии пресвитериан не бюрократические конторы! Он сам часто бывал на заседаниях Синода, показывая его членам, как нужно быстро и эффективно решать разные духовные дела. Причину же "скудости в делах" он, как уже сказано, видел в дремучести русских пастырей — необразованных, с трудом читающих, неспособных написать и произнести проповедь, погрязших в мирских делах и грехах.
При Петре началась массовая подготовка новых церковных кадров. Московская академия была реорганизована по образцу Киевской академии, которая, в свою очередь, копировала устройство и систему преподавания иезуитских школ (коллегиумов). Подобным образом была организована учебная работа и в Александро-Невском монастыре в Санкт-Петербурге, куда были переведены образованные преподаватели из Киева и откуда получившие образование молодые монахи и священники отправлялись в провинции "окормлять" народ, руководить епархиями, настоятельствовать в знаменитых соборах, организовывать школы для обучения детей церковников. В этом направлении много сделал новгородский митрополит Иов, который, пригласив в Великий Новгород знаменитых греков братьев Лихуд, создал школу, ставшую образцом для создания впоследствии подобных двухклассных учебных заведений во всех епархиям.
Примечательно, что царь безусловно уважал Иова, мудреца и книжника, ценил его как лояльного церковного деятеля, поддерживал его культурные начинания, но исходил из иных — общегосударственных и светских — интересов. Так, он приветствовал организацию в Новгородской епархии благотворительных учреждений — домов престарелых и незаконнорожденных, "подкидных младенцев". Но в этом начинании Петр усмотрел, как ему казалось, государственную пользу. Известно, что царь, как и Иов, стремился переломить свойственное тогдашнему обществу пренебрежительное отношение к бастардам (по-русски — "выблядкам"), которых сразу после появления на свет несчастные матери, боявшиеся позора, топили, душили, бросали в отхожие места, оставляли на морозе. Начиная столь важное дело, Иов исходил из идеи гуманизма и соблюдения христианских норм. Но эта мера полностью укладывалась в весьма светские представления Петра, считавшего, что незаконнорожденные дети — такие же солдаты и подданные России, как и законнорожденные, а внебрачные связи — эффективный способ прироста населения. Царь считал, что нужно таких младенцев принимать и воспитывать как полезных государству и государю подданных. Начинания Иова по организации богаделен, гостиниц и больниц для немощных в Колмовом монастыре на Волхове были не просто одобрены Петром, а послужили в некотором смысле образцом. В начале 1712 года Петр дал Сенату указ: "По всем губерниям учинить шпиталеты для самых увечных, таких которая ни чем работать не смогут, ни стеречь, также и зело престарелым, также прием незазрительной и прокормление младенцем, которые не от законных жен раждены (дабы вящего греха не делали сиречь убийства) по примеру новогородского архиерея".