Создать МГШ предложила группа офицеров флота во главе с малоизвестным тогда еще лейтенантом Александром Колчаком, которая, опираясь на опыт провальной войны с Японией, считала, что для ведения современной войны России непременно нужен Морской генштаб, какие уже существовали в Японии и Германии, являясь совершенно необходимыми при переходе флота с парусов на пар. Проект был одобрен морским министром Диковым. Расходы на содержание двух десятков человек должны были составить менее 100 тысяч рублей в год. Госдума утвердила проект годом ранее, но в Госсовете Витте понял, что это его звездный час, и начал поход на «необдуманные расходы» и «вторжение в военную сферу, которая является исключительной компетенцией государя». Проект удалось продавить, но большинством всего в 12 голосов. Естественно, дело как надо тут же преподнесли монарху, который заподозрил в нем подкоп под самодержавие и собственные прерогативы, неожиданно для премьера отказавшись подписывать (накануне ему устроила истерику императрица, требуя отставки «твоего дерзкого презуса»). И это когда только-только закончился Боснийский кризис.
Удар был явно нацелен по Столыпину и Коковцову. Расстроенный таким афронтом, премьер в письме царю поставил вопрос о возможности своей отставки. Николай решил стать в позу и ответил 25 апреля 1909 года: «О доверии или недоверии речи быть не может. Такова моя воля. Помните, что мы живем в России, а не за границей или в Финляндии, а потому я не допускаю мысли о чьей-нибудь отставке». В то же время он подписал рескрипт на имя Столыпина, поручающий тому выработать (совместно с военным и морским министрами) правила, более четко разграничивающие права короны и законодательных палат в военных делах.
Отставка не была принята, но один из членов Госсовета заметил: «Он остался у власти, но власть отошла от него».
Это было первое явное поражение премьера, после которого его влияние и власть покатились под гору. Теперь он ждал развязки со дня на день.
«Мой авторитет подорван, – говорил Столыпин в частном разговоре. – Меня подержат, сколько будет надобно для того, чтобы использовать мои силы, а затем выбросят за борт».
Как писал Александр Солженицын, «и всякий раз к аудиенции (а государю удобно было принимать премьер-министра лишь после 10 вечера, и то не в субботу и не в воскресенье, которое естественно отдать семье и развлечениям; а многие месяцы надо было не экипажем ехать в Петергоф, но поездами в Крым и назад, неделю в дороге, чтобы два дня поработать с государем, а с устранением революционных опасностей государь и на четыре месяца мог отбыть в Германию, отдохнуть на родине супруги), – идя на высочайший прием, всегда готовый к шатким внезапным изменениям высочайшей воли, Столыпин нес в портфеле письменную просьбу об отставке, подписанную сегодняшней датой, – и иногда подавал ее».
Теперь против премьера выступали уже не только социалисты и кадеты, но и монархисты (обидел самодержца вторжением в его полномочия), черносотенцы (слишком любит евреев), нацменьшинства (ущемляет в правах в пользу русских), поместное дворянство (напуганы развитием земельной реформы), правые и октябристы (слишком уж активный реформатор, попридержать бы коней), духовенство (слишком печется о правах старообрядцев, уж не безбожник ли?).
Непонимание было даже в среде лучших умов, интеллигенции, «соли земли», которым и пристало, казалось бы, понять широту замыслов и конечные цели реформатора. Наиболее ярко это непонимание и отчуждение проявилось в переписке Столыпина со Львом Толстым. Как вспоминала Мария Бок, «когда мой отец был уже председателем Совета министров, Толстой неоднократно писал ему, обращаясь, как к сыну своего друга. То он упрекал его в излишней строгости, то давал советы, то просил за кого-нибудь. Рассказывая об этих письмах, мой отец лишь руками разводил, говоря, что отказывается понять, как человек, которому дана была прозорливость Толстого, его знание души человеческой и глубокое пониманье жизни, как мог этот гений лепетать детски-беспомощные фразы этих якобы „политических“ писем. Папа́ еще прибавлял, до чего ему тяжело не иметь возможности удовлетворить Льва Николаевича, но исполнение его просьб почти всегда должно было повести за собой неминуемое зло».
Однако пока есть силы, Столыпин еще побьется за свои идеалы, рано его списывать в утиль. В марте 1911 года премьер бросился в отчаянный бой за проталкивание столь лелеемого им закона о западных земствах, который был годом раньше принят Думой и который столь же отчаянно тормозили правые в верхней палате.