Елизавета I прикладывала массу усилий, чтобы дистанцироваться от казни Марии Стюарт. Она утверждала (пожалуй, даже слишком настойчиво), что это произошло против ее воли и без ее ведома. Разумеется, ее словам верили не все, но ей удалось заставить некоторых сомневаться в том, что она имела какое-то отношение к казни Марии. Елизавета I три недели соблюдала притворный траур и написала письмо с извинениями Якову Шотландскому (который вовремя сообразил, что, если он подыграет ей и откажется от своей католической веры, то может унаследовать английский престол). Хотя Елизавете I удалось смягчить часть католиков в Англии, Филипп II видел ее обман насквозь и понимал, что пришло время для вторжения. Проект получил громкое название «Английское предприятие».
До этого к вторжению в Англию короля Филиппа активно подталкивал папа Григорий XIII. В октябре 1583 г. Филипп II ответил: «Об этом не может быть и речи». Два года спустя он продолжал твердить: «Об английском деле пока сказать нечего». Он просил английских католиков «набраться терпения, потому что в нужный час меры будут приняты». Эта слабая надежда вряд ли приносила им много утешения, но к концу 1585 г. в Испании снова активно заговорили о вторжении в Англию. Возглавить испанские войска должен был высокочтимый маркиз де Санта-Крус, за свою пятидесятилетнюю морскую карьеру не потерпевший ни одного поражения. Одного его имени (и имени его флагмана «Волчица») было достаточно, чтобы вселить ужас во врагов Испании. Морская оборона Англии оставалась крайне слабой, и маркиз предложил осуществить вторжение огромным флотом из 510 кораблей и почти 95 000 человек. 2 апреля 1586 г. Филипп приказал готовиться к операции.
Стоимость этого предприятия была вполне соизмерима с размерами флота – 10 млн дукатов. Одно только содержание Непобедимой армады ежемесячно обходилось казне в 700 000 дукатов. Бережливая Елизавета I тратила на содержание своего скромного флота малую часть этой суммы. Филиппа II в первую очередь беспокоили не военная тактика и жизни солдат, а финансирование. «Изыскать деньги очень важно, и все мы должны усиленно заниматься этим, и ничем другим». Чтобы собрать необходимые средства, он необдуманно делал долги. Испанский король продавал драгоценности покойной жены, дворянские титулы, монополии и торговые права, поместья – все, что было накоплено за долгие десятилетия правления его предшественниками Фердинандом и Изабеллой.
В июне дела пошли неважно. Алессандро Фарнезе, герцог Пармский, один из ведущих итальянских военных стратегов, предложил внезапно атаковать Англию силами всего 30 000 человек, высадив их с нескольких плоскодонных барж без существенной поддержки с моря. Он собирался сначала неожиданно напасть на Ирландию и отвлечь на себя крошечный английский флот, а затем приступить к завоеванию Англии, одновременно подняв внутри страны восстание английских католиков, которые только обрадуются освобождению от угнетателей-протестантов.
План маркиза де Санта-Круса опирался на грубую силу, план герцога Пармского обладал эффектом неожиданности и гибкостью. Филипп II должен был выбрать одну из двух стратегий. Вместо этого он решил объединить их, несмотря на их несовместимость. Известия о казни Марии пришли в самый разгар подготовки к вторжению. Филипп II был настроен крайне решительно и называл свое нападение крестовым походом, однако ситуация продолжала меняться.
25 апреля 1585 г. неаполитанский кардинал Феличе Перетти был избран папой Сикстом V и привнес в политику церкви отчетливо антииспанские настроения. Более того, он сделал попытку за спиной у короля Испании связаться с французским королем Генрихом III, чтобы узнать, сможет ли тот повлиять на Елизавету и заставить ее пересмотреть свое поведение и вернуть Англию в лоно католической церкви. Инициатива не имела успеха, но узнав о ней, Филипп II все равно пришел в ярость. Тем временем Сикст V продолжал усложнять жизнь Испании, отказываясь выделять средства на готовящееся вторжение. Наконец, два католических владыки смогли договориться и 27 июля 1587 г. подписали соглашение, предоставившее Филиппу II полную свободу действий в выборе нового правителя Англии после успешного католического завоевания островного государства.