В двадцатые годы была взорвана колокольня, обезглавлены старинные соборы, снесено огромное монастырское кладбище, где обрели последний покой представители известнейших купеческих династий России, чьими трудами на протяжении многих десятилетий созидалось благосостояние Отечества. На месте некрополя устроили парк культуры, посетители которого танцевали и веселились в буквальном смысле слова «на костях». Более шести с половиной десятилетий в перегороженных сверху донизу зданиях храмов и братских корпусов размещались разные организации – тресты, конторы и управления.
Но Всеблагой Промысл Божий не оставил святыню на вечное поругание. Так, 24 ноября 1994 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возобновлении Покровского монастыря в качестве женской монашеской обители. На официальном сайте Покровского монастыря о том памятном времени сказано следующее:
«Настоятельницей монастыря 22 февраля 1995 года была назначена инокиня Ольга (Мискина), насельница Свято-Троицкой Дивеевской обители.
14 апреля того же года она приняла монашеский постриг, который совершил Святейший Патриарх Алексий, с наречением имени в честь святой блаженной царицы Феофании.
Взорам матушки Феофании и первых насельниц, прибывших к месту своего послушания, предстала удручающая картина. Храмы и корпуса Покровской обители после семидесяти лет разорения находились в плачевном состоянии. Кроме того, каждый квадратный метр монастырских помещений принадлежал либо был сдан в аренду какой-нибудь государственной организации или коммерческой структуре, которых насчитывалось здесь десятки. Матушке Феофании не раз приходилось встречаться с руководителями этих организаций и фирм, разъяснять, убеждать, взывать к их разуму и совести. Переговоры требовали немалого терпения, такта, ведь многие из этих людей изначально относились к сестрам монастыря враждебно. Один Господь ведает, скольких сил стоило все это настоятельнице, сколько ночей она провела, изливая в молитве свою скорбь».
Примечательна личность самой матушки Феофании. Так, директор школы г. Струнино Владимирской области Ирина Печникова по случаю юбилея школы вспоминала: «Мы очень гордимся, что среди наших выпускников есть люди, которые занимают высшие должности в церковной иерархии, например настоятельница Покровского Монастыря святой Матроны на Таганке матушка Феофания, наша ученица и выпускница Ольга Мискина. Мы очень аккуратно подходили всегда к чувствам верующих людей, даже в советское время, расцвета атеизма. И поэтому среди наших выпускников много священнослужителей».
А вот это из интервью самой матушки: «Несмотря на различные странные заявления активистов, мы не планируем, да это и невозможно, ограничивать людей по национальному, религиозному или еще какому-то признаку. Тем более ни о каком контроле за тем, чтобы в жаркое время люди не приходили в короткой одежде, речи быть не может. Монастырь ежедневно посещает несколько тысяч человек, и в самом монастыре мы никого не прогоняем». Просто так ничего не происходит, матушка во вверенной ей обители, создала атмосферу, знакомую ей с детства…
Как пишут церковные и светские издания, помощь Божия сопутствовала сестрам в восстановлении обители. Постепенно освобождались храмы и корпуса. Насколько непрост был этот процесс, можно заключить из того, например, что продолжительное время часть комнат первого этажа сестринского корпуса принадлежала монастырю, а другая – коммерческому банку. Незримая граница проходила посередине коридора, в одном конце которого находились монастырская кухня и трапезная, а в другом – офисы банковских служащих. Рядом с обителью в парке каждый вечер гремела музыка, подвыпившая молодежь часто заходила на территорию. Огромную помощь в решении вопросов по освобождению от арендаторов монастырских площадей и закрытию танцплощадки оказал матушке-настоятельнице тогдашний префект Центрального округа столицы Александр Музыкантский.
Весной 1997 года по ходатайству Святейшего Патриарха Алексия Второго правительство Москвы передало монастырские здания и территорию в бессрочное безвозмездное пользование монашеской общине. В освобожденные арендаторами помещения переселились сестры обители, которые первоначально жили и молились в нижнем этаже Покровского храма.
Основное внимание матушка игуменья уделяла скорейшему восстановлению соборов Воскресения Христова и Покрова Пресвятой Богородицы. Уже к октябрю 1995 года был расчищен и освящен малым чином один из шести приделов Покровского собора – во имя преподобного Нила Столобенского. День престольного праздника обители – Покрова Пресвятой Богородицы был ознаменован первой за шесть с половиной десятилетий Божественной литургией. Примечательно, что менее года спустя по благословению Святейшего Патриарха из Нило-Столобенской пустыни в Покровский монастырь была передана частица мощей преподобного Нила. Она стала первой святыней в покровской обители, обретенной сестрами.