Заработная плата рабочих с июня значительно выросла, но их индивидуальная выработка снизилась. Поэтому необходимо было что-то предпринять для повышения уровня оплаты труда, особенно на железной дороге. Поэтому Сибирское правительство приняло постановление о том, что рабочие на железной дороге должны получать сдельную оплату труда везде, где это возможно и целесообразно, то есть рабочие должны зарабатывать свою зарплату. На Томской железной дороге начались волнения, но они были быстро подавлены. 18 сентября железнодорожники объявили всеобщую забастовку здесь, в Омске. Чехи, казаки и военные организации взяли на себя охрану железнодорожных дворов, но не раньше, чем забастовщики успели повредить двенадцать из восемнадцати локомотивов на местных дворах. Несколько лидеров были пойманы и немедленно расстреляны. Правительство и военные отдали строгие приказы и приняли необходимые меры для предотвращения беспорядков, и рабочие были вынуждены вернуться к работе. Однако из-за того, что так много локомотивов вышло из строя, движение поездов было серьезно затруднено.
Железнодорожная забастовка, казалось, была подавлена, но 19-го числа была объявлена сочувственная забастовка всех рабочих, служащих фабрик, бригадиров, парикмахеров, пекарей и т.д. Ситуация была серьезной, но власти взяли дело в свои руки и не давали покоя. В понедельник, 23 сентября, большинство рабочих вернулись на свои рабочие места. Генерал Дитрихс, русский начальник штаба чехов, отправил в Омск телеграмму от имени чешского штаба, в которой говорилось, что забастовки в тылу не будут допущены и "что сейчас не время вводить сдельную оплату труда". Это заявление, поступившее как раз в то время, когда забастовка была успешно подавлена, вызвало очень тяжелое отношение властей к чехам. Создалось впечатление, что чехи встали на сторону рабочих против правительства. Капитан Козек, чешский дипломатический представитель в Омске, направил чешскому персоналу телеграмму о том, что они не должны вмешиваться во внутренние дела и что дело ликвидировано.
Формирование Всероссийского правительства встретило значительную оппозицию. Было предложено, чтобы директория состояла из пяти избранных в Уфе членов, а при них был рабочий кабинет, состоящий из различных министров. Однако между директорией и Сибирским правительством существовало несколько спорных моментов, которые необходимо было урегулировать, прежде чем Сибирское правительство согласится передать свои полномочия. Около 24 октября между Директорией и Сибирским правительством было достигнуто соглашение по десяти из одиннадцати пунктов, а именно:
1. Было принято решение о формировании Всероссийского правительства, поэтому Губернское правительство (Сибирское временное правительство) перестало существовать.
2. Принцип провинциальных правительств был согласован, но районы будут согласованы в будущем.
3. Всероссийское правительство принимает на себя и использует организацию Сибирского правительства.
4. Состав Рабочего кабинета будет формироваться Сибирским и Директоратом, но в будущем Директорат будет иметь право только производить назначения на вакантные места в Кабинете.
5. Члены Кабинета будут подотчетны только Директорату. 6. Президент Кабинета должен быть членом Директората.
7. Новые законы, касающиеся выборов в Учредительное собрание, будут разрабатываться специальным комитетом, одним из членов которого должен быть председатель Губернской Думы, и законы должны быть ратифицированы Директорией до вступления в силу.
8. После освобождения Европейской России различные губернии получат право иметь собственные органы местного самоуправления.
9. Директорат принимает все законы, принятые провинциальными правительствами на сегодняшний день, но будет рассматривать их и вносить изменения, если это необходимо.
10. Армия будет всероссийской и носить российскую кокарду, но провинции могут носить свои цвета через кокарду.
11. Директория желает, чтобы губернская дума в Томске собралась, имея в виду, что она вынесет вотум доверия Всероссийскому правительству и немедленно распустится, и это должно быть их единственной причиной для собрания. Сибиряки, однако, считают Думу распущенной и поэтому не имеют права собираться.