В это же время добавилось целенаправленное истребление евреев и цыган. Изначально евреев, как и в Польше, предусматривалось собирать в городах и изолировать в гетто. Работы там не было, люди голодали, смертность была очень высокой. Но литовские, латвийские фашисты, украинские мельниковцы и бандеровцы показали другой пример, устраивали погромы и резню. А нацистские лидеры пьянели от роли «сверхлюдей», начинали верить, что для них нет ничего невозможного — и недозволенного. Задумывались: стоит ли тратить силы и время на гетто, депортации и прочие подобные операции? В июле в германских документах впервые появился термин «окончательного решения еврейского вопроса».
Айнзатцгруппы уже показали высокую «эффективность» кровавой работы, и акции были возложены на них — пускай попутно со славянами «сокращают» евреев. А Гейдрих, руководивший айнзатцгруппами, был назначен «уполномоченным по окончательному решению». Конечно, четырем тысячам эсэсовцев было проблематично умертвить сотни тысяч людей. Но они стали организующими штабами. Привлекали непосредственных исполнителей из местных полицаев. Гейдрих воспринял новый пост со всей ответственностью. Лично разрабатывал инструкции для массовых экзекуций. Детально расписывал, что перед расстрелами надо отбирать у жертв все ценности, раздевать их донага. Конфискованное имущество, одежда, обувь, подлежали сдаче в хозяйственное управление СС.
Вес Гейдриха в нацистской иерархии вообще возрастал. После того как службы РСХА разгромили партийную канцелярию, расчистив место для Бормана, он тоже оказывал покровительство Гейдриху, помогал его продвижению. Гитлер давно уже был недоволен протектором Богемии и Моравии Нейратом — по мнению фюрера, он проводил слишком либеральную линию. Позволял чехам жить, будто в своем свободном государстве, числить себя наравне с немцами. Борман подсказал, что к Нейрату надо назначить энергичного заместителя, Гейдриха.
В сентябре 1941 г. Гитлер вызвал Нейрата, крепко пропесочил за «недостаток твердости» и сообщил, что дает ему вице-протектора. Тот возражал, подал в отставку. В Прагу вместо него поехал Гейдрих. Формально его оставили в ранге вице-протектора, но реально он получил в Чехии полную власть. Внешне он начал правление мягко, обратился к чешской общественности, призвал к сотрудничеству — и общественность не возражала, изъявляла полную готовность плодотворно помогать властям.
Но одновременно Гейдрих стал закручивать гайки. 14 октября он доложил Гиммлеру, что намерен поочередно перебрасывать в Чехию батальоны СС, «чтобы производить здесь расстрелы и контролировать казни через повешение». Сообщал, что пока, за две недели, им расстреляно 153 человека и повешено 38. Выяснилось, что чехи и впрямь разболтались, слишком вольно оценивали свое положение. На казни пражские студенты ответили демонстрацией протеста. Однако новый вице-протектор церемониться не стал. Арестовал всех участников, 1200 человек, 9 активистов повесил, а остальных скопом отправил к концлагерь Заксенхаузен. Это подействовало, Чехия присмирела, и больше никто не своевольничал.
Пост начальника РСХА Гейдрих при новом назначении сохранил. С Берлином он был связан ежедневной авиапочтой, специальными телефонными и телетайпной линиями, радиосвязью через особую сеть РСХА, в его распоряжении были два самолета, постоянно готовые к вылету. Если нужно, он вызывал к себе подчиненных или сам прилетал на совещания. Но после его перемещения в Прагу начальники управлений получили право докладывать те или иные вопросы непосредственно Гиммлеру. Это способствовало дальнейшему возвышению Шелленберга, который нравился рейхсфюреру, стал его любимчиком.
Впрочем, и Мюллера не обижали, он получил очередные звания, 9 ноября 1941 г. стал генерал-лейтенантом полиции и группенфюрером СС. Но и забот у него прибавилось. Он был назначен «уполномоченным по вопросам восточно-европейских стран», руководил созданием сети гестапо на оккупированных территориях, отдавал приказы об «охранных» или «превентивных» арестах в самой Германии и подконтрольных ей странах.
Концлагеря и лагеря военнопленных Мюллеру не подчинялась. Приказы о депортациях в лагеря подписывал Гиммлер или Гейдрих. Но на гестапо возлагался «политический» контроль в лагерях. Офицеры тайной полиции должны были выявлять врагов рейха среди заключенных, изучать их личные дела, расследовать внутрилагерные преступления, вербовать осведомителей. А при этом отбирать кандидатов на перевод в «штрафные» лагеря или для уничтожения. Что ж, такие обязанности Мюллер тоже выполнял основательно и дисциплинированно. При этом участь конкретных людей его не интересовала. Приказано — он сделает. Если начальник гестапо иногда и протестовал, то только по частным, «техническим» вопросам.