Разведка подводными лодками была чрезвычайно важна для подготовки предстоявших морских десантных операций. Разведка острова Сайпан, выполненная подводной лодкой "Гринлинг" перед захватом его, и сделанные ею через перископ снимки пунктов высадки морского десанта повысили спрос на подобного рода информацию со стороны штабов, планировавших десантные операции. В июле "Сивулф" (командир Линч) произвел фоторазведку островов Палау, а "Пермит" (командир Чаппл) — атолла Волеаи и острова Яп (Каролинские острова). В августе подводная лодка "Берфиш" (командир Перкинс) вышла на дополнительную фоторазведку островов Ангаур и Пелелиу. Подобного рода разведка имела, конечно, важное значение, но десантным силам нужно было как можно больше знать о глубинах моря, о силе и характере прибоя, о подводных препятствиях и системе противодесантной обороны, а такие сведения можно было получить только с помощью высадки разведывательных групп.
Именно для получения таких разведывательных данных "Берфиш" высадил разведгруппу 5-го соединения амфибийных сил на остров Пелелиу. Высадке на остров Ангаур помешал японский радиолокатор. Тогда Перкинс решил высадить группу на остров Яп. Высадка разведгруппы и возвращение ее на лодку прошли успешно. Ночью 15 августа на берег были высажены еще пять человек. Возвратились на лодку только двое.
В связи с подготовкой операции против островов Палау и Яп штаб 3-го флота просил передать в распоряжение командующего флотом Хэлси группу из десяти подводных лодок. По замыслу командующего, девять из них должны были образовать двойную "линию разведки" между Филиппинами и островами Палау. Десятую лодку предполагалось использовать в районе островов Палау для спасения летчиков со сбитых самолетов. Эти подводные лодки составили три "волчьи стаи" под общим командованием капитана 2 ранга Уилкинса, находившегося на борту "Сихорса". У побережья острова Яп несла боевое патрулирование подводная лодка "Гар". Одна лодка из состава подводных сил юго-западной части Тихого океана находилась у пролива Сан-Бернардино, другая — у пролива Суригао и еще несколько лодок — в районе возможных линий японских морских коммуникаций вдоль всей Ост-Индии.
Однако такое развертывание лодок не удовлетворяло Локвуда. Оно напоминало старые времена, когда командующий подводными силами Тихоокеанского флота почти не осуществлял стратегического командования подводными лодками. Но с тех пор многое изменилось. Средства связи и организация управления лодками в море претерпели значительные изменения.
В создавшихся условиях вероятность того, что японское командование при высадке американского десанта на Палау введет в действие свой флот, понесший значительные потери, была незначительная. Предусматривавшиеся планом операции 3-го флота переразвертывания подводных лодок были неоправданны. Между Японией и островами Палау судоходства не осуществлялось, и развертывание здесь десяти подводных лодок, о чем просил штаб 3-го флота, было необоснованным. Этот план не имел перспектив ни с точки зрения продолжения подводными лодками войны на изнурение, ни с точки зрения решения задачи усиления блокады Японии, Тем не менее с целью дать Хэлси возможность осуществлять Непосредственное командование подводными лодками в его распоряжение все же были переданы те десять подводных лодок, которые он просил. К 13 сентября им предстояло занять назначенные позиций в районе, получившем название "медвежье логово". Там они должны были действовать до 25 сентября.
Как и предполагалось, японский флот в море не вышел для противодействия высадке американских войск на Палау. Находившиеся в "медвежьем логове" десять подводных лодок поэтому-то и не обнаружили противника. В сентябре по сравнению с августом и октябрем число потопленных американскими подводными лодками японских судов и кораблей заметно уменьшилось. Место "медвежьего логова" в последующем менялось не раз. И хотя в сентябре лодки практически не добились успехов, своими действиями они помогали 3-му флоту решать задачи в проводимых им операциях, направленных на перенесение действий ближе к Японии.
С 6 по 8 сентября авиация с 16 авианосцев 3-го флота неоднократно атаковала острова Яп, Пелелиу и Улити. Затем флот, Хэлси нанес удар по аэродромам острова Минданао с целью обеспечить господство в воздухе при высадке десантов на острова Пелелиу и Моротаи. При нанесении этих ударов 8 и 9 сентября авианосная авиация не встретила почти никакого сопротивления. Вскоре Хэлси прекратил атаки Минданао и направил удар по судоходству и аэродромам центральной части Филиппин. И здесь американской авиации не было оказано почти никакого сопротивления, хотя Япония понесла значительные потери в авиации и судах. После этого одна из авианосных групп пошла на юг для прикрытия высадки десанта на остров Моротаи, а другая — на восток для прикрытия высадки десанта на остров Пелелиу. Тем временем третья авианосная группа пополняла запасы топлива и продовольствия.