Донесения разведки во время полета в море Висаян свидетельствовали о том, что гарнизон острова Лейте очень слаб. Поэтому 13 сентября Хэлси направил Нимицу донесение, в котором предлагал высадку десантов на острова Яп, Пелелиу, Моротаи и Минданао отменить, но зато провести десантную операцию силами Макартура и Нимица на остров Лейте, минуя все сильно укрепленные японские позиции. Нимиц переслал это донесение Макартуру и в Вашингтон. Макартур с предложением Хэлси согласился, но потребовал провести запланированную высадку десанта на остров Моротаи, чтобы обеспечить 5-му воздушному флоту базу для действий против острова Лейте, Нимиц также согласился с предложением Хэлси, но вместе с тем решил продолжать запланированные действия против Палау с целью создания своим силам базы для наступления на Филиппины. Объединенный англо-американский комитет начальников штабов, заседавший в это время в Квебеке, согласился с предложением о высадке десанта на Лейте и назначил ее на 20 октября. Высадка десантов на острова Яп и Минданао была отменена.
Как и планировалось, высадку десантов на Моротаи и Пелелиу произвели 15 сентября. Остров Пелелиу оказался твердым орешком. Выбить противника из оборонительных сооружений даже после захвата аэродрома было нелегко. В то же время острова Улити были заняты без сопротивления 23 сентября, и силы обслуживания немедленно приступили к передислокации туда своей передовой базы.
Слабое сопротивление японцев в районе моря Виса-ян позволило Хэлси несколько изменить и расширить план операции. Чтобы прикрыть лодками свой северный фланг, Хэлси передвинул "медвежье логово" на широту Формозы. 21 сентября самолеты авианосного оперативного соединения Хэлси нанесли удар по острову Лусон. Манила была захвачена врасплох. Гавань оказалась забитой судами, задержавшимися в ожидании кораблей охранения. Авианосная авиация нанесла по ним несколько массированных ударов. Шедшие в Манилу японские суда укрылись в заливе Корон (острова Каламиан), но и здесь, за 350 миль от Манилы, их атаковала авиация флота Хэлси. Японское судоходство на подходах к Филиппинам оказалось под ударами американской авианосной авиации. В сентябре она уничтожила 95 японских судов. За это же время американские лодки потопили 55 судов противника.
В июле адмирал Мива отозвал 6-ой флот. Японские подводные лодки активности не проявляли. Они участвовали только в перевозках. Лишь к сентябрю они были готовы активно участвовать в боевых действиях на море. Морской генеральный штаб Японии ввел в действие план "Сё", заменивший гибельный план "А-Гоу". "Сё-1" являлся планом обороны против вторжения на Филиппины, "Сё-2" — планом обороны против вторжения на острова Кюсю, Нансэй или Тайвань. Каждый из этих планов требовал решительных действий надводных, воздушных и подводных сил флота. В случае вторжения противника на острова Палау или остров Хальмахера японские подводные лодки должны были оказать ему противодействие совместно с местными оборонительными силами без помощи со стороны сил флота. В распоряжении Мивы имелось около 30 подводных лодок. Кроме того, несколько лодок находилось в постройке, а устаревшие лодки использовались для обучения экипажей. Четыре лодки находились на боевом патрулировании в Индийском океане, недалеко от Пенанга. О подробностях действий этих подводных лодок почти ничего не известно. Несколько подводных лодок типа "I" находилось на военных верфях, где они приспосабливались для несения оружия, предполагавшего применение тактики "Камикадзе", то есть использования смертников. Шесть лодок использовались в транспортных целях.
10 сентября было принято неверное сообщение о высадке американского десанта в Давао, и все имевшиеся в наличии японские лодки получили приказ выйти в море. На следующий день приказ был отменен. В силе осталось распоряжение о переходе пяти подводных лодок ("I-177", "RO-41", "RO-43", "RO-46" и "RO-47") в район Филиппинских островов. Эти лодки образовали двойную линию разведки по треугольнику Минданао — Хальмахера -Палау. Это расположение японских лодок было повторением схемы развертывания американских лодок в районе "медвежьего логова", но только в "половинном" масштабе. Вполне вероятно, что японские лодки, следуя в указанный район, прошли через "медвежье логово", не будучи обнаруженными американцами, а последние в свою очередь не заметили японцев. Уничтожение японских запасов дизельного топлива на острове Себу во время налета американской авианосной авиации на Висаян 12 сентября привело к тому, что подводным лодкам для приема топлива пришлось идти в Японию, что, естественно, сокращало время патрулирования в назначенных им районах. 23 сентября четыре японские подводные лодки получили приказ следовать в район Палау и одна -в район острова Моротаи для действий против кораблей десантных сил.