Удары 3-го флота по объектам на Японских островах потребовали более активного использования лодок для спасения летчиков в море, а в связи с этим возросла и опасность для подводных лодок. Дело в том, что корабли 3-го флота, действовавшего в прибрежных водах Японии, где с начала войны патрулировали американские лодки, так и не научились опознавать свои подводные лодки, что, естественно, увеличивало опасность для подводных лодок.
18 июля, когда 3-ий флот наносил удары по Токио, американская подводная лодка "Гэбилан" (командир Пархэм) находилась у входа на плес Сагами-Нада. Она должна была спасать летчиков в море. Лодка находилась здесь с начала июля. Решая эту задачу, она взаимодействовала с самолетами "Дамбо" и самолетами и истребителями армейской или морской авиации. К 18 июля на борту "Гэбилана" было уже пятнадцать летчиков, спасенных в прибрежных водах Японии: один из армейской и четырнадцать из авианосной авиации. В ряде случаев истребители прикрытия подавляли противодействие противника, давая "Гэбилану" возможность проходить далеко в глубь плеса Сагами-Нада и на виду у противника спасать летчиков.
Когда удары авианосной авиации по Токио были завершены, Хэлси решил 18 июля силами крейсеров и эсминцев нанести удар по судоходству в районе плеса Сагами-Нада. Узнав об этом решении Хэлси, Локвуд напомнил командующему 3-им флотом, что в районе предстоящих действий крейсеров и эсминцев находится американская подводная лодка, решающая задачу спасения летчиков в море. Одновременно он приказал "Гэбилану" как можно скорее покинуть этот район.
Получив радиограмму Локвуда, Пархэм повел "Гэбилан" полным ходом на выход из этого района, но он понимал, что вывести лодку за дальность действия радиолокаторов кораблей 3-го флота не успеет. Через два часа радиолокатор "Гэбилана" показал, что на дистанции 8-15 миль от него находится оперативная группа 3-го флота. Одновременно Пархэм увидел, что два эсминца устремились к "Гэбилану". Лодка сделала все, чтобы эсминцы опознали ее, но безуспешно. Эсминцы открыли огонь и накрыли лодку с первого залпа. До того как подводная лодка погрузилась, они произвели десять залпов, однако, к счастью, попаданий не было.
Через шесть дней аналогичный случай произошел с подводной лодкой "Тороу" (командир Грант) в районе Сикоку. Ночью 24 июля, когда "Тороу" шел спасать летчиков, Грант из данных радиоперехвата понял, что лодка находится на курсе следования идущих на выполнение боевой задачи крейсеров и эсминцев. Грант срочно донес об этом Локвуду, который в свою очередь попытался своевременно оповестить 3-ий флот о месте нахождения "Тороу". Лодка шла в надводном положении, когда с дистанции 3,5 мили ее обстрелял эсминец. Первый же залп эсминца дал накрытие, и "Тороу" срочно погрузился. Грант опасался, что эсминец сбросит глубинные бомбы, но, к счастью, как потом выяснилось, командир эсминца принял "Тороу" за патрульное судно и решил, что потопил его с первого залпа. Через полчаса эсминец ушёл[93]
.Несмотря на такие случаи, подводные лодки продолжали решать задачи по спасению летчиков в назначенных им районах. Так, уже через сутки после того, как "Тороу" был атакован своим эсминцем, он спас трех английских летчиков. 26 июля подводная лодка "Уэйл" подобрача морского летчика в проливе Бунго.
Для обеспечения действий кораблей 3-го флота против береговых объектов на Японских островах лодкам пришлось решать необычную для них задачу — разведку минных заграждений. Американское командование знало, что в прибрежных водах Японии поставлены оборонительные минные заграждения с целью не допустить патрулирования здесь американских подводных лодок. Эти минные заграждения, естественно, представляли опасность и для надводных кораблей.
Хэлси принял решение обстрелять объекты на побережье Японии. Он считал, что оснащенные гидролокаторами американские подводные лодки способны произвести разведку минных заграждений в районах предстоящих действий 3-го флота. Поэтому он сделал запрос на проведение лодками разведки минных заграждений в четырех выбранных районах в пределах 180-метровой изобаты.
Решение этой задачи возложили на подводные лодки "Раннер" и "Редфин". Дистанция, на которой гидролокатор мог обнаружить мины, составляла всего около 2,5 кабельтова. Поэтому при обнаружении мины лодка была ограничена во времени и пространстве для выполнения нужного маневра.