Существует несколько версий назначения Щастного командующим флотом. По одной из них, он был избран советом флагманов (то есть органом, состоящим из высокопоставленных офицеров) 24 марта 1918 г. и лишь затем получил утверждение от центральной советской власти. В действительности ситуация была обратной. Не Щастный был избран Советом флагманов, а Совет флагманов был создан по инициативе Щастного. Как писал бывший начальник штаба флота князь Черкасский бывшему командующему Развозову 29 марта 1918 г., «морские дела идут в прежнем духе, если не считать создания постоянного совета флагманов – вершителя судеб флота и А. М. Щастного – главного распорядителя. Таким образом, и коллегия налицо, и А. М. [Щастный] ни за что не ответственен, т[ак] к[ак] в совете не состоит. Хорошо ли это? Думаю, хуже не будет, но удивляюсь, как “г[оспо]да”, ратуя о единовластии, сами участвуют в коллегии. А. М. [Щастный] – другое дело, здесь хитро устроенное сохранение “невинности”». Обращает на себя особое внимание последняя фраза – Щастный представляется Черкасским как серый кардинал, вершащий судьбу флота, но остающийся при этом в тени. Кстати, Щастный был одним из самых младших капитанов 1-го ранга русского флота (на 25 октября 1917 г. он занимал 242-е место в списке по старшинству из 255 капитанов 1-го ранга). То, что столь молодой офицер смог возглавить флот в условиях «тихой анархии» (по выражению одного из современников), говорит о высоком авторитете Щастного среди сослуживцев.
В военном ведомстве Советской России в это время происходила смена руководства. Троцкий стал наркомом по военным делам (с 14 марта) и по морским делам (с 6 апреля), а в роли главного флотского военспеца при нем оказался контр-адмирал Альтфатер.
18 марта состоялось совещание «верховной военной коллегии», на котором было принято решение «“покончить с дилетантизмом”, внедрять в армию новейшие достижения военной техники и военного искусства, строжайшую дисциплину. Комплектование армии предполагалось “на добровольческих началах, но лицо, принятое на военную службу, должно подчиняться всем военным законам”». В этом совещании принимали участие, кроме Троцкого, ряд бывших генералов. 29 марта 1918 г. введено временное положение об управлении Балтийским флотом, которое предусматривало должность начальника морских сил Балтийского моря и главного комиссара. Никаких выборных коллегиальных органов на флоте не предполагалось. Начальником морских сил был официально назначен Щастный.
В этот момент ситуация в очередной раз обострилась. Как только небольшой участок залива у побережья юго-западной Финляндии очистился ото льда, 12 тыс. немецких солдат высадились на полуострове Ханко (Гангут). Это произошло 3 апреля 1918 г. Стало ясно, что взятие Гельсингфорса немецкими войсками – дело ближайшего времени. Выстоять против опытных немецких фронтовиков у красных финнов шансов не было. 7 апреля с помощью захваченных ледоколов у Ловисы высадился еще один немецкий отряд в 3 тыс. человек. Теперь железная дорога Гельсингфорс – Петроград была перерезана. Правда, под самым носом немцев в столицу Финляндии успел проскочить эшелон с 500 моряками, направленными на усиление команд кораблей, которые должны были выходить из Гельсингфорса.
После высадки немцев на Ханко русские моряки взорвали 4 подводные лодки и их плавучую базу, а англичане затопили 7 своих подводных лодок и 4 вспомогательных судна.
Под руководством Щастного 5 апреля с немцами заключили Гангэудское соглашение, по которому оставалась надежда на сохранение за Россией тех кораблей, которые не смогут уйти из Гельсингфорса к моменту занятия города немцами.