Владельцев «Чарльза», естественно, встревожило исчезновение судна, и они разослали циркуляр по шести колониям Вест-Индии, сообщив о пропаже судна и запрашивая сведения о нем. Однако никто ничего не сообщал, пока в газете «Ньюслеттер» не появилась заметка о возвращении «Чарльза». Оказалось, что, дойдя до Марблхеда, команда бросила судно, а сама разбрелась. То, что моряки «Чарльза» занимались разбоем, вскоре стало известно из их же собственных рассказов. Поскольку владельцы «Чарльза» обязаны были держать ответ перед податными чиновниками, Колман и Кларк сделали все, чтобы очистить себя от подозрений, и 23 мая 1704 года подали сведения о Келче и его сообщниках секретарю провинции Массачусетского залива Исааку Эддингтону и генеральному прокурору Полу Дадли. Последний сразу же приступил к действию. Судья Сэмюэль Сьюэл, встретивший Дадли в Линне, записал в своем дневнике, что тот явился сюда «в поисках пиратов» и уже сумел поймать одного, которого передал в руки судьи, а тот отправил его в Бостон. Охоту на разбойников возглавил заместитель губернатора Пови, он выпустил воззвание, в котором требовал арестовывать их, где бы они ни были задержаны, а добычу – конфисковать. Были перечислены имена негодяев, помимо Келча: Джон Ламберт, Джон Миллер, Джон Клиффорд и др.
Отмечалось, что некоторые пираты нашли приют на Род-Айленде; пятеро из них купили небольшой шлюп и избежали ареста, перейдя на Лонг-Айленд, находившийся в юрисдикции Нью-Йорка, и спрятались в надежном месте. Поймать удалось лишь одного, по приказу губернатора Крэнстона его отправили в Бостон. 29 мая губернатор Дадли издал воззвание, в котором предупреждал, что люди, укрывающие беглецов или их деньги, будут подвергнуты наказанию. Он привел список из 42 имен – всех этих людей разыскивала полиция. Этот список был опубликован в номере «Ньюслеттер» от 5 июня, а 6 июня группа честных жителей Новой Англии передала Совету несколько унций золота, которые были захвачены Келчем. В результате этого губернатор Дадли назначил следственную комиссию, куда входили: Сэмюэль Сьюэл, главный судья Высшего суда, Натаниэль Байфилд, судья адмиралтейства, и Пол Дадли, генеральный прокурор. Ей было поручено отправиться в Марблхед и «вызывать всех людей, о которых они будут иметь сведения, или просто на основании подозрения, что [они] скрывают или прячут золото и сокровища, приобретенные у пиратов, как в самом Марблхеде, так и в прилегающих к нему районах, и допрашивать их, и забирать все, что будет у них обнаружено, а также арестовывать любого из пиратов».
Полковникам Джону Леггу из Марблхеда и Джону Вентворту из Ипсвича было поручено набрать в своих полках отряд добровольцев и заняться поисками беглых пиратов. Узнав, что некоторые из них присоединились к команде капера капитана Ларрамора, который стоял у острова Шоалс, Сьюэл на шлюпе «Испытание» (Trial), где служило двадцать человек, прихватив с собой пинасу, отправился в эти места и арестовал семерых пиратов: четверых – на судне Ларрамора, и троих – на острове Старр. Таким образом, в руках правосудия оказался уже двадцать один человек. Их отвезли в Бостон и поместили в тюрьму, комендантом которой был Даниэль Виллард. 13 июня 1704 года пираты были подвергнуты суду. Келч, Джон Ламберт, Кристофер Скудамор, Джон Миллер, Эразм Петерсон, Питер Роуч и Чарльз Кинг были приговорены к смерти. Других какое-то время продержали в тюрьме, а потом отпустили на свободу.
После осуждения этих семерых между священниками разгорелась борьба, кто займется спасением их душ, и победа досталась преподобному Коттону Мазеру. «Ньюслеттер» писала: «Каждый день в их присутствии проводилась служба и [священник] ежедневно молился вместе с ними. Их ежедневно наставляли в вопросах веры, а иногда читали им проповеди».