В 1543-1566 гг. монастырь был окружен каменными стенами с боевыми башнями. Однако военные действия начала XVII в., когда монастырь был осажден поляками, нанесли его оборонительному поясу сильнейшие повреждения. «Городу и башням впредь стоять будет неможно, – писал в 1645 г. каменных дел подмастерье Иван Неверов, – потому что все осыпалось и во многих местах развалилось… и в литовское разорение город и башни во многих местах разломало». Неверову было поручено восстановление монастырских стен и башен, но вскоре работа перешла к Трофиму Игнатьеву, односельчанину известного русского зодчего конца XVII в. Якова Бухвостова. Трофим Игнатьев отличался большим художественным чутьем и талантом, о чем свидетельствуют как возведенные им башни, надвратная и аналогичная ей трапезная церковь, так и заключенная с ним рядная запись. Зодчему предоставлялось право «… а буде покажется высоко и убавить аршин же, а буде низко – прибавить аршин же». Такая оговорка была сделана для того, чтобы создать сооружение «как мера и красота скажет».
Монастырские власти не просчитались, перепоручив работы по постройке стен и башен Игнатьеву, который закончил всю постройку к 1688 г. (строительство продолжалось почти 18 лет). На берегу небольшого озера, образованного из запруженной речки Сестры, поднялись стены и башни ('илл. 117-119,121), увенчанные острыми шатрами, украшенные затейливыми тягами, ширинками и прочими формами кирпичного «штучного набора», среди которых поблескивают цветные изразцы, сделавшиеся неотъемлемой частью тогдашнего архитектурного убранства. Из суровой обители- крепости монастырь превратился в своеобразный город- сказку, справедливо сравниваемый с легендарным «градом Китежем». Ему мало равных среди прославленных своей декоративностью русских монастырей конца XVII в.
Если южные и восточные башни несколько похожи Друг на друга, то башни западных прясел стенна редкость оригинальны как по общей форме, так и по деталям. Так, угловая юго-западная Старицкая башня поражает сопоставлением широкой и мощной нижней части со стремительно подымающимся вверх острым шатром. Ее стены покрыты «строчками» кирпичного узора, среди которых виднеются «глазки» боевых отверстий для стрельбы. Верх башни заканчивается волнообразной линией, образовавшейся благодаря срастанию крепостных зубцов в форме «ласточкиного хвоста». Так утилитарная оборонительная деталь превратилась в эффектную декоративную форму. Следующая, Германова башня, некогда проезжая, квадратная в плане, увенчана дополнительным ярусом- этажом, над ним поставлен шатер на арках бывшего звона. Этот ярус-этаж имеет красивый сложный перекрывающий его свод (помещение служило в старину местом заключения видных политических узников). Кирпичный убор башни на редкость красив и своеобразен, напоминая своего рода монументальные «прошвы», хорошо выделяющиеся на фоне гладких стен.
Но наиболее эффектна крайняя угловая башня – Кузнечная (илл. 117). Она состоит из могучего цилиндрического низа, над которым подымаются ярусами десятигранник, затем восьмерик, увенчанный в свою очередь остроконечным шатром со слухами. На гульбище первого яруса изнутри ведут восемь выходов, украшенных наличниками-порталами. Обильные ширинки с цветными изразцами и разнообразнейшие узорные выкладки из кирпича украшают стены башни. Усиливают силуэт и вносят определенное своеобразие своего рода декоративные, словно точеные, пинакли- вазы, установленные над ребрами граней второго яруса. По декоративности с этой башней может отдаленно спорить лишь воротная башня Спас-Евфимиева монастыря в Суздале. Ведь для убранства Кузнечной башни в Москве были куплены «500 изразцов муравленных ширинчатых на подзоры», «200 желобов муравленных на поясы» и еще «100 изразцов ценинных». Пристрастие к многоцветным изразцам в убранстве монастыря особенно сильно сказывается на главных въездных воротах, части которых сплошь покрыты изразцами, применявшимися для парадных печей в теремах. Надвратная и парная ей трапезная церковь сооружены тем же Т. Игнатьевым.
Нет ничего удивительного, что декоративность монастырского крепостного пояса с его красивейшими для этого времени башнями предопределила постройку нового собора вместо старого – XV в. Он строился с 1688 по 1692 г. с применением архитектурных форм московского барокко. Пятиглавый, окруженный аркадным двухъярусным гульбищем с красивейшим фризом из изразцов «павлиное око», выполненным знакомым уже нам Степаном Полубесом, собор производит сильное впечатление. Монументальность его форм оттенялась выше упомянутой редкой красоты колокольней. Ее стройность, белизну и фигурную золотую главу можно было сравнить с гигантской словно зажженной свечой. Ее гибель – непоправимая утрата для ансамбля этого изумительного по своей красоте монастыря.