Сюжет, как ни странно, во многом вдохновлен основной сагой. Игрок выступает в роли Марка – увлеченного покемонами парниши, который решает собрать легендарные карты и победить четырех сильнейших игроков своего небольшого острова, именуемых Грандмастерами. Перед путешествием Марк отправляется к опытному исследователю карт покемонов доктору Мейсону и получает от него первую колоду. Как и в основной серии, игрок должен выбрать один из трех вариантов: колоду Бульбазавра, Чармандера или Сквиртла с их друзьями (отсылка к стартерам первого поколения). Затем Марка ждут битвы с Мастерами каждого клуба (местного эквивалента спортзалов) и иногда с соперником Рональдом, тоже жаждущим стать чемпионом Покекарт. Восемь клубов вдохновлены семью типами из карточной игры. Клубы Воды, Электричества, Камня, Огня и Травы, а также Психический и Боевой используют покемонов тех же типов. Клуб Науки соединяет в себе любителей Травяных и Ядовитых покемонов. Не получил своего клуба только Бесцветный тип. Завоевав восемь медалей со всех клубов, игрок отправляется на Стадион Покемонов, сражается с четырьмя Грандмастерами и получает легендарные карты: Артикуно, Запдоса, Молтреса и Драгонайта.
В марте 2001 года, спустя чуть больше двух лет после релиза в Японии и едва появившись в Европе, Pokémon Trading Card Game получила право на продолжение, которое так и не вышло за пределы Японии. К 228 картам предыдущей игры добавилось 65 карт из расширения Team Rocket, 97 из японских наборов, продававшихся в торговых автоматах, 15 эксклюзивных карт из тренировочных «стартовых наборов» для новичков, 26 новых рекламных и 13 оригинальных карт, созданных специально для видеоигры, и, наконец, одну карту из дополнения Gym Heroes. Итого в этом сиквеле нужно собрать 445 карт – почти вдвое больше, чем в первом эпизоде. Несмотря на то что в то время уже вышли версии Gold и Silver и дополнения для карточной игры, основанные на втором поколении, вторая часть Pokémon Trading Card Game все так же сосредоточилась на первом – хотя среди оригинальных карт можно встретить троих покемонов второго поколения: Мэрилла, Тогепи и Лугию.
В новом приключении игрок вновь воплощает Марка или женского персонажа Минт. Ему вновь предстоят битвы с восемью Мастерами клубов, но с появлением карт из дополнения Team Rocket в сюжет вливается злая организация Команда GR (Great Rocket), цель которой – украсть легендарные карты. Для этого она беспардонно похищает Мастеров. Так в дополнение к предыдущему острову игроки могут исследовать новый, на котором находятся семь фортов каждого типа и замок, где проживает король Бируритчи, лидер команды GR. Среди других новшеств стоит отметить появление казино, где можно выиграть редкие карты, а также замену медалей на монеты (во время боя они выдают орла или решку). Наконец, Запечатанный форт предлагает девять сложных столкновений с элитными противниками. В целом, не считая появления Team GR, новый сюжет сильно напоминает предыдущую версию, но длиннее и сложнее.
Как и оригинальная видеоигра, карточная Pokémon при появлении на рынке в конце 1990-х вызвала коллекционный бум. Некоторые карты ожидаемо попадаются реже других и иногда имеют эффектную голографическую обработку, хоть не содержат ничего «секретного»; другие не учитываются в нумерации выпусков и пользуются у коллекционеров особым спросом; третьи же имеют две версии – классическую и голографическую. Помимо колод из шестидесяти карт с известным нам содержанием для прохождения игры необходимы бустеры (наборы, содержащие десять случайных карт). Как и в видеоигре, завершить коллекцию поможет обмен.