Масуду также осенили идеи о том, как развить механику геймплея и ублажить публику, мечтающую о более глубокой стратегической игре. Среди первых нововведений было добавление двух новых типов, стального и темного, а также «специальных показателей» – специальной атаки и специальной защиты – для большей ясности и разнообразия. Также появились крайне редкие блестящие покемоны разных цветов (шанс столкнуться с ними был всего 1 к 8192), Pokérus (полезный заразный вирус, на время упрощающий прокачку скрытых показателей) и система размножения на ранчо (теперь у покемонов мог быть мужской или женский пол). Улучшились принципы скрытых показателей, а еще покемоны научились носить с собой предметы. Game Freak удалось найти новый подход к своему творению благодаря этим нововведениям, не затронувшим ни суть игры, ни большинство принятых правил. Pokémon Gold и Silver во всех отношениях превосходят предшественников и предлагают более связный контент с десятками дополнительных часов геймплея, способными занять игроков после прохождения. Этот «десерт на дорожку», радующий преданных фанатов и не мешающий тем, кто не претендует на завершение своего Покедекса, стал одним из ключей к успеху будущих игр Pokémon.
Впервые анонсированные в июне 1999 года, Gold и Silver наконец вышли в Японии 21 ноября после активного промоушена. В июле вышел второй фильм о легендарном покемоне Лугии, чтобы представить публике карманных монстров следующего поколения. Также была издана серия карт по мотивам нового бестиария с сотней новых существ. Game Freak вновь, на сей раз умышленно, спрятала в игре секретного покемона Селеби, доступного только через официальные дистрибутивы в Японии (что обеспечило им огромный успех). И наконец, релиз сопроводила новая версия электронной игрушки Пикачу, дающая различные награды. Совместимость игры с недавно выпущенным принтером Game Boy тоже помогла в продвижении аксессуара. Nintendo с головой погрузилась в кросс-функциональный маркетинг.
Gold и Silver продались тиражом более шести миллионов копий в Японии за шесть месяцев, несмотря на связанные с климатической катастрофой трудности с поставками. Долгожданная игра выпускалась с тем же устройством для связи по всему миру. Всего было продано 23 миллиона картриджей. Перезапуск Red, Green, Blue и Yellow со временем принес 45 миллионов продаж по всему миру.
Подготовка к будущему и появление The Pokémon Company
2000 год выдался более спокойным для Pokémon в Японии. Game Freak работала над Pokémon Crystal, третьей дополненной версией игр второго поколения, продавшейся тиражом более шести миллионов картриджей. Это совместимое только с Game Boy Color издание впервые позволяло выбрать пол главного героя в начале и играть за девочку. Как и в случае с Yellow, нововведений было не так много, – лишь пара слегка измененных локаций и сюжетных моментов. Самые большие изменения – добавление Боевой башни для поединков с тренерами на турнирах, как в Pokémon Stadium, а также совместимость японских версий с новым мобильным адаптером Game Boy для онлайн-сражений и обмена покемонами посредством подключения консоли к телефону. Будучи любителем гаджетов и мобильной техники, Исихара регулярно подталкивал команду Game Freak к экспериментам с подобными аксессуарами. Во многом именно это позволило Pokémon быстро стать одной из самых взаимосвязанных франшиз в империи Nintendo. 14 декабря 2000 года, одновременно с выходом Crystal в Японии, HAL Laboratory представила третью часть Pokémon Stadium для Nintendo 64, совместимую с новым поколением. Версия получилась удачной и полной мини-игр: было продано более 2,5 миллиона копий, несмотря на поздний выпуск для уже стареющей Nintendo 64.